Charakteristika vazby nádorových supresorů na strukturní motivy DNA

Bc. Pavlína Mrhálková

Diplomová práce

Binding characteristics of tumor suppressor genes to DNA structural motifs

Anotace:

Nádorové supresory hrají důležitou úlohu v ochraně buňky před rakovinným bujením. U mnoha těchto proteinů je jejich funkce zprostředkována na základě protein-protein a protein DNA interakcí. Bylo prokázáno, že supresory jako BRCA1, IFI16 či proteiny rodiny p53 se přednostně váží na lokální struktury v DNA. Tvorba různých forem DNA se významně podílí na regulaci buněčných procesů. V rámci diplomové práce byla studována vazba různých strukturních motivů DNA s proteiny BRCA1, p53 o plné délce a centrálními částmi všech členů proteinové rodiny p53. Rozdíly v interakci byly sledovány prostřednictvím gelové retardační analýzy. Hybridizované oligonukleotidy vytvářející různé struktury DNA byly analyzovány také pomocí fluorescenční anizotropie.

Abstract:

Tumor suppressors play important roles in protection of cell against cancer proliferation. The role of many of these proteins is mediated by protein protein and protein DNA interaction. It was proven that for example BRCA1, IFI16, protein family p53 and other proteins preferentially interact with local structures in DNA. Formation of different DNA structures regulates many important cell processes. In this master thesis, interaction of DNA fragments representing different structure motifs with tumor suppressors such as BRCA1, wildtype full length p53 and core domain of each member of protein family p53 were investigated. Differences in the interaction were observed by electrophoretic mobility shift assay. Oligonucleotides with different DNA structures were analyzed by fluorescence anisotropy.

Klíčová slova

p53, p63, p73, BRCA1, superhelicita, křížová struktura, triplex, kvadruplex, superhelicity, cruciform, quadruplex

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 11. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 6. 6. 2017
• Vedoucí: doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Analytická biochemie