Molekulární diagnostika bakterií mléčného kvašení rodu Bifidobacterium

Bc. Dagmar Doušková

Master's thesis

Molecular diagnostics of lactic acid bacteria of genus Bifidobacterium

Abstract:

Práce byla zaměřena na rodově a druhově specifickou identifikaci 45 nových kmenů bakterií rodu Bifidobacterium izolovaných ze stolice kojenců. Jako kontrola bylo použito 11 typových a sbírkových kmenů. Bakteriální kultury jednotlivých kmenů byly kultivovány na M.R.S. médiu s přídavkem 0,05 % L-cystein hydrochloridu. Z čistých kultur byla DNA izolována metodou lyze buněk, purifikována fenolovou extrakcí a přesrážena 96 % ethanolem. Čistota a koncentrace DNA byly stanoveny spektrofotometricky. Zařazení do rodu Bifidobacterium bylo u 36 kmenů potvrzeno rodově specifickou PCR. Druhová identifikace byla ověřena pomocí PCR s druhově specifickými primery, metodou restrikční analýzy PCR amplionů s využitím 5 restrikčních endonukleáz: AluI, BamHI, Sau3AI, Sau96I, TaqI (ARDRA). Zařazení do druhů bylo ověřováno typizační metodou rep-PCR s primery (GTG)5 a BOXA1R. Z analyzovaného souboru 36 kmenů bylo 7 kmenů zařazeno do druhu B. longum, 21 kmenů do druhu B. infantis, 5 kmenů do druhu B. animalis a 1 kmen do druhu B.adolescenti; 2 kmeny byly identifikovány jako směsné kultury. Metodou rep-PCR byla zjištěna variabilita kmenů v rámci druhu.

Abstract:

This study was focused on the genus- and species–specific identification of 36 new bifidobacterial strains isolated from stool samples of sucking babies by molecular biological methods. Thirty-six bifidobacterial strains were identified by genus-specific PCR as the Bifidobacterium genus. For the identification to species level, species-specific PCR, DNA restriction analysis (ARDRA) of PCR amplicons, and rep-PCR using 2 primers (GTG)5 and BOXA1R were used, respectively. The 36 strains tested were classified into 4 species of the Bifidobacterium genus; 2 strains were identified as mixed cultures. The intra-specific variability among the analysed strains was found by rep-PCR.

Keywords

Klíčová slova, Bifidobacterium, identifikace, typizace, PCR, ARDRA, rep-PCR Key words, identification, typing, rep-PCR

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 21. 5. 2007

Thesis defence

• Date of defence: 15. 6. 2007
• Supervisor: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / General Biology