Webový modul pro monitorování a analýzu robustnosti temporálních vlastností biologických systémů

Mgr. Ing. Bc. Petr Horáček

Master's thesis

Web module for monitoring and robustness analysis of temporal properties of biological systems

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá návrhem a implementací webového modulu pro monitorování a analýzu robustnosti temporálních vlastností biologických systémů na portálu www.e-cyanobacterium.org. Tento modul výpočtem lokální robusnosti umožňuje nejen kvalitativní rozhodnutí o platnosti STL formule zachycující nějakou vlastnost modelovaného systému, ale poskytuje také kvantitativní informaci o tom, s jakou rezervou je formule splněna. V práci je podrobně popsána funkce algoritmu a struktura výpočtu i začlenění do stávající podoby webu www.e-cyanobacterium.org. Architektura modulu umožňuje jeho snadné rozšíření nebo změnu. Správnost výsledku výpočtů byla ověřena více metodami, včetně porovnání s řešeními jiných autorů.

Abstract:

This thesis deals with design and implementation of web module for monitoring and robustness analysis of temporal properties of biological systems on www.e-cyanobacterium.org. This module, using local robustness, allows not only deciding about validity of STL formula, but also provides quantitative information about how much is the formula satisfied. The thesis describes in detail the functions of the algorithm, its structure and embedding of module to current version of web www.e-cyanobacterium.org. Architecture of the module allows its easy extension or change. Validity of the results was verified by multiple methods, including comparisson with other authors.

Keywords

systém ODE, modelování, model checking, robustnost, STL formule

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 5. 2016

Thesis defence

• Date of defence: 1. 7. 2016
• Supervisor: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Reader: Mgr. Matej Klement

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics