Analýza a charakteristika polymorfních cross-species mikrosatelitů u potápky roháče (Podiceps cristatus).

Bc. Jana HOFFMANNOVÁ

Diplomová práce

The analysis and characterization of polymorphic cross-species microsatellites for determination of paternity in Great Crested Grebe (Podiceps cristatus).

Anotace:

Tuto diplomovou práci jsem zpracovávala na téma analýza a charakteristika polymorfních cross-species mikrosatelitů u potápky roháče (Podiceps cristatus). V teoretické části práce jsem se zabývala popisem čeledi potápkovitých, jakož i vlastního druhu potápky roháče, a jejímu fylogenetickému zařazení v rámci třídy ptáků. Dále jsem obecně vysvětlila pojem mikrosatelit a cross-species PCR amplifikace. Nakonec jsem charakterizovala mikrosatelitové lokusy vhodné pro testování u potápky roháče. Pro potápku roháče nebyly doposud popsány žádné polymorfní mikrosatelitové lokusy, cílem experimentální části mé práce tedy bylo jejich nalezení pomocí cross-species PCR amplifikace. Celkově jsem otestovala 407 mikrosatelitových lokusů, které zahrnovaly všechny známé lokusy odvozené od zástupců řádů potápek, potáplic, brodivých, veslonohých a plameňáků a dále několik vybraných lokusů odvozených od zástupců z řádů dlouhokřídlých, vrubozobých, tučňáků a sudokopytníků. Takto jsem nalezla 41 párů primerů amplifikujících 42 polymorfních lokusů (jeden pár primerů amplifikoval dva polymorfní lokusy). U všech lokusů jsem určila alelové konstituce na 13 nepříbuzných jedincích a následně je charakterizovala programy Cervus 3.0.3 a Genepop 4.1. Na základě těchto statistických dat jsem vybrala 4 polymorfní mikrosatelitové lokusy vhodné pro determinaci paternity u potápky roháče. Dále jsem u všech jedinců určila pohlaví a na základě toho detekovala 5 mikrosatelitových lokusů ve vazbě na pohlaví, z nichž jeden byl určitě, další tři pravděpodobně (bylo by možné potvrdit až po otestování většího počtu jedinců) vázáné na chromozom Z a pátý se choval jako pohlavní marker.

Abstract:

I processed this master thesis on the topic of the analysis and characterization of polymorphic cross-species microsatellites in Great Crested Grebe (Podiceps cristatus). In the theoretical part of my thesis I focused on describing the family Grebes, as well as its own species Great Crested Grebe, and its phylogenetic classification within the class of birds. I also explained the general term microsatellite and cross-species PCR amplification. Finally, I characterized microsatellite loci suitable for testing in Great Crested Grebe. For Great Crested Grebe have not been described any polymorphic microsatellite loci yet, so the aim of the experimental part of my thesis was their finding using cross-species PCR amplification. Overall, I tested 407 microsatellite loci, which included all known loci derived from representatives of the orders grebes, loons, storks, pelecaniformes and flamingos as well as several selected loci derived from representatives of the orders charadriiformes, ducks, penguins and ungulates. Thus I found 41 primer pairs that amplified 42 polymorphic loci (one primer pair amplified two polymorphic loci). For all loci I identified allelic constitution in 13 unrelated individuals and subsequently characterized by the programs Cervus 3.0.3 and Genepop 4.1. Based on these statistical data, I chose four polymorphic microsatellite loci suitable for determination of paternity in Great Crested Grebe. I also determined sex in all individuals and based on of this I detected 5 sex-linked microsatellite loci, one of which was certainly, three more probably (it would be confirmed after testing a larger number of individuals) linked to chromosome Z and fifth acted as a marker for sex determination.

Klíčová slova

mikrosatelity, cross-species PCR amplifikace, potápka roháč, Podiceps cristatus

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 31. 7. 2013

Zveřejnit od: 31. 7. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 8. 2013
• Vedoucí: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie