Using machine learning methods for predicting results of MammaPrint and Luminal-Type Tests

Bc. Oliver Rainoch

Diplomová práce

Anotace:

Strojové učení ve spojení s digitální patologií nabízí významný potenciál pro predikci výsledků diagnostických testů v onkologii. S ohledem na omezenou dostupnost podrobných anotací nádorů se tato práce zaměřila na predikci diagnostických informací přímo ze snímků histopatologických vzorků. Použité datové sady zahrnovaly výsledky testů MammaPrint a BluePrint, které umožňují klasifikaci podtypů a molekulární charakteristiky nádorů rakoviny prsu. Implementované modely dosáhly výsledků srovnatelných s těmi, které uvádějí obdobně zaměřené studie. Tyto poznatky naznačují, že kombinace strojového učení a digitální patologie může představovat slibnou alternativu k tradičním molekulárně diagnostickým metodám.

Abstract:

Machine learning combined with digital pathology offers significant potential for predicting the outcomes of diagnostic tests in oncology. Given the limited availability of detailed tumor annotations, this study focused on predicting diagnostic information directly from histopathological sample images. The datasets used included results from the MammaPrint and BluePrint tests, which enable the classification of subtypes and molecular characteristics of breast cancer tumors. The implemented models achieved results comparable to those reported in similarly focused studies. These findings suggest that the integration of machine learning and digital pathology could represent a promising alternative to traditional molecular diagnostic methods.

Keywords

machine learning, digital pathology, multiple instance learning, breast cancer, RationAI

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 17. 12. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 30. 1. 2025
• Vedoucí: doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. Petr Novotný, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Softwarové inženýrství / Návrh a vývoj softwarových systémů