Zásuvné moduly do systému Acquiarium na výpočet kolokalizace

Mgr. Jan Knotek

Bachelor's thesis

Acquiarium plug-ins computing collocalization

Anotácia:

Cílem bakalářské práce je nastudovat diplomovou práci Víta Kloučka Kloucek z roku 2007 a implementovat v C++ algoritmy pro výpočet kolokalizace v systému Acquiarium, které jeho práce obsahuje. Program Acquiarium umožňuje ovládání jednotlivých komponent obrazového cytometru s vysokým rozlišením a provádění automatizováného snímání na těchto systémech. Jeho součástí jsou i funkce na korekci obrazových dat, jejich prohlížení a 3D analýzu. Zásuvné moduly pro výpočet kolokalizace umožní vyjádřit míru poziční závislosti impulsů v obrazech. V práci byl implementován statistický modul počítající koeficient kolokalizace, modul kolokalizačních map a také byly upraveny některé dialogy Acquiaria přidáním kolokalizačních funkcí.

Abstract:

Objective of this bachellor's thesis was to study Master's thesis of Mr. Vít Klouček of the year 2007 and implement in C++ algorithms for computing colocalization in system Acquiarium, which are contained in his work. Acquiarium's purpose is to handle components of high resolution cytometry and provide automatic acquisition on these systems. There is also component for correction of image data, its viewing and 3D analysis. Plugins for colocalization computing allows us to express the measure of position dependace of impulses in images. In this thesis statistical module computing coefficients of colocalization and colocalization maps module were implemented. Some dialogs were upgraded to be able to compute colocalization as well.

Kľúčové slová

Acquiarium, kolokalizace, Mandersovy koeficienty, míra překryvu, korelace, Pearsonův koeficient korelace, zásuvný modul, ImageJ, colocalization plugin, high resolution cytometry

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2008

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 25. 6. 2008
• Vedúci: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics