Multiplexní amplifikace specifických cílových sekvencí a jejich následné resekvenování za využití platformy sekvenování nové generace (next-generation sequencing, NGS), aplikace v molekulárně genetické diagnostice cystické fibrózy

Bc. Marie Kývalová

Diplomová práce

Multiplex Amplification of Specific Targets for Resequencing using Next Generation Sequencing Technology, applied in molecular diagnostics of cystic fibrosis

Anotace:

Diplomová práce se věnuje problematice jednotlivých diagnostických postupů při vyšetření pacientů s cystickou fibrózou. Hlavním cílem je zavedení metodického postupu multiplexní amplifikace specifických cílových sekvencí a jejich následné resekvenace za využití platformy sekvenování nové generace pro diagnostické účely. U jednotlivých pacientů, kterým nebyl stanoven molekulární původ nemoci klasickými postupy, jsem provedla kompletní sekvenaci genu CFTR a výsledky následně ověřila metodou klasického sekvenování. Na závěr jsem porovnala obě sekvenační metody z hlediska efektivity, ceny a časové náročnosti.

Abstract:

This thesis deals with the issue of different diagnostic procedures for the evaluation of patients with cystic fibrosis. The main objective is to establish a methodological procedure of multiplex amplification of specific target sequences and their subsequent resequencing using a new generation sequencing platforms for diagnostic purposes. For individual patients, where it has not been established molecular origin of the disease by classical methods, I conducted a complete sequencing of the CFTR gene and the results were verified by classical sequencing. In conclusion, I compared those two sequencing methods in terms of efficiency, cost and time effectiveness.

Klíčová slova

sekvenování, sekvenační metody nové generace, pyrosekvenace, cystická fibróza, gen CFTR, sequencing, next generation sequencing, pyrosequencing, cystic fibrosis, gene CFTR

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 1. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 2. 2014
• Vedoucí: RNDr. Iveta Valášková, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika