Laboratorní diagnostika SARS-CoV-2 v klinické praxi

Linda REPKOVÁ

Bachelor's thesis

Abstract:

V práci jsme zhodnotili pomocí veřejně dostupných zdrojů počty nakažených a úmrtnost na epidemii COVID19 v Plzeňském kraji. V Plzeňském kraji se počet úmrtí lišil dle okresů od 0,9 % (Plzeň-město a Plzeň-sever) až po 1,5 % v okrese Tachov. 98,1 % úmrtí spojených s COVID19 bylo u osob starších 50 let, z čehož 87,8 % úmrtí ve skupině 65+ let. Rovněž v hodnoceném období 1.3. 2020 - 31.5. 2021 jsme analyzovali výsledky 3 208 PCR a 2 504 antigenních testů provedených u přeshraničních pracovníků. Tito pracovníci se nepodíleli na šíření onemocnění oproti běžné populaci, neboť počet pozitivních testů ve sledovaném období nepřesahoval průměrné 7 denní pozitivity preventivních testů v ČR. Dále v práci bylo provedeno zhodnocení senzitivity a specificity Panbio Abbott antigenních testů používaných v Klatovské nemocnici. V 752 párových PCR a antigenních testů byla zjištěna senzitivita 75,8 % a specificita 97,4 %. U vysoce pozitivních vzorků s virovou náloží dle PCR 0-25 Ct byla zjištěna 93 % pozitivita Panbio Abbott antigenního testu, zatímco v hodnotách nad 30 Ct byla správná pozitivita jen 19,7 %.

Abstract:

In this paper, we evaluated the number of infections and mortality rates of the COVID-19 epidemic in the Pilsen region using publicly available sources. In the Pilsen region, the number of deaths varied by district, from 0.9% (Pilsen-City and Pilsen-North) to 1.5% in the Tachov district. 98.1% of COVID-19-related deaths were in persons over 50 years of age, of which 87.8% were in the 65+ age group. Also in the assessment period 1.3.2020 -31.5.2021, we analyzed the results of 3,208 PCR and 2,504 antigen tests performed on cross-border workers. These workers did not contribute to the spread of the disease compared to the general population, as the number of positive tests in the study period did not exceed the average 7-day positivity rate of preventive tests in the Czech Republic. Furthermore, the sensitivity and specificity of Panbio Abbot antigen tests used in Klatovy Hospital were evaluated. In 752 paired PCR and antigen tests, the sensitivity was found to be 75.8% and specificity 97.4%. In highly positive samples with viral load according to PCR 0-25 Ct, 93% positivity of Panbio Abbott antigen test was found, while in values above 30 Ct, the correct positivity was only 19.7%.

Keywords

SARS-CoV-2, epidemie, laboratorní metody, RT-PCR, antigenní testy, COVID19, pendleři, Plzeňský kraj

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 31. 3. 2022

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Supervisor: MUDr. Richard Pikner, Ph.D.

University of West Bohemia

Faculty of Health Care Studies

Bachelor programme / field:
Laboratorní diagnostika ve zdravotnictví / Medical laboratory technicial