Efekt chybějících guaninů na tvorbu kvadruplexu DNA

Bc. Filip Křikava

Bakalářská práce

Effect of a loss of guanines on the formation of DNA quadruplex

Anotace:

Guaninové kvadruplexy jsou čtyřřetězcové struktury DNA vyskytující se v oblastech genomu bohatých na guanin a byla prokázána jejich biologická funkce. Různá přirozená poškození narušují tvorbu G-kvadruplexu. V práci je studována závislost vzniku kvadruplexu na pozici chybějících guaninů. Pomocí spektroskopie cirkulárního dichroismu a UV absorpční spektroskopie byl charakterizován vznik kvadruplexových struktur a jejich stabilita, pomocí elektroforetických metod byla zjištěna jejich molekularita. Z výsledků vyplývá, že chybějící guaniny silně narušují strukturu a stabilitu G kvadruplexu, ale ochota tvořit guaninové tetrády v jakémkoli uspořádání nad tím převažuje.

Abstract:

Guanine quadruplexes are four-stranded DNA structures that are found in regions of the genome rich in guanine and their biological function has been demonstrated. Numerous natural lesions disrupt formation of G-quadruplex. In this work, we study the dependence of quadruplex formation on the position of missing guanines. The formation of quadruplex structures and their stability was characterized using circular dichroism spectroscopy and UV absorption spectroscopy, their molecularity was determined using electrophoretical methods. Our results indicate that missing guanines strongly influence the structure as well as stability of G-quadruplexes, but the propensity to form guanine tetrads in any arrangement is still prevails.

Klíčová slova

Guaninové kvadruplexy, konformace a stabilita guaninových kvadruplexů, CD spektrometrie, UV absorpční spektrometrie, Guanine quadruplexes, conformation and stability of guanine quadruplexes, CD spectrometry, UV absorption spectrometry

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2020
• Vedoucí: RNDr. Iva Kejnovská, CSc.
• Oponent: doc. Mgr. Olga Nováková, Dr.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Fyzika / Biofyzika