Taxonomie kultivovatelných psychrotrofních prokaryot z vodních ekosystémů

Mgr. Marcel Kosina, Ph.D.

Doctoral thesis

Taxonomy of culturable psychrotrophic prokaryotes occuring in water ecosystems

Abstract:

Předkládaná práce uvádí do taxonomické problematiky jednoho z nejběžněji se vyskytujících taxonů - rodu Pseudomonas. Zástupci tohoto velmi adaptabilního rodu, kteří osídlují nejrůznější prostředí, jsou významnou kultivovatelnou složkou vzorků pocházejících z jeskyní, a to nejen vzorků vody, ale i sekundarních depozitů (speleotém). Pozornost byla zúžena na charakterizaci kmenů Pseudomonas spp. izolovaných právě ze vzorků speleotém z jeskyní České a Slovenské republiky, a ze vzorků pocházejících z ostrova Jamese Rosse (Antarktida). Izolované kmeny byly charakterizovány polyfázovým taxonomickým přístupem s využítím fenotypových metod jako je biotypizace, SDS-PAGE, MALDI-TOF MS, či metod genotypových založených především na sekvenování konzervativních genů rrs, rpoB a rpoD, DNA-DNA hybridizaci, ale i ribotypizaci. Výsledkem nebyla jen rozsáhlá charakterizace izolovaných kultur, ale také druhová identifikace a popis nových taxonů.

Abstract:

The presented study introduces the taxonomy of one of the most common taxons - genus Pseudomonas. Members of this fairly adaptive genus, which inhabitate various environment, are important culturable microbiota occuring in caves, not only in water or air, but also in secondary deposites (speleothems). The author focused on characterizing Pseudomonas spp. strains isolated from samples of speleothems collected in Czech and Slovak caves, and samples from James Ross Island (Antarctica). The samples were moister thus representing water environment. The isolated strains were characterized by polyphasic approach using phenotypic methods,e.g. biotyping, SDS-PAGE, MALDI-TOS MS, or genotypic methods based on sequencing of conservative housekeeping genes like rrs, rpoB and rpoD, DNA-DNA hybridization procedures or ribotyping. The study resulted not only in broad characterization of isolated cultures but also in strains identification and description of novel taxons.

Keywords

Taxonomie, Pseudomonas, psychrotrof, nickamínek, Antarktida, rrs, rpod, rpoB, ribotypizace, SDS-PAGE

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 3. 7. 2014

Thesis defence

• Date of defence: 2. 9. 2014
• Supervisor: doc. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
• Reader: doc. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., doc. RNDr. Milan Seman, CSc., MVDr. Jiří Nepeřený, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Doctoral programme / field:
Biology (4-years) / Microbiology