Detekce strukturních homologů v Protein Data Bank

Mgr. Veronika Lásková

Bachelor's thesis

Structural homology detection in Protein Data Bank

Anotácia:

Cílem této bakalářské práce bylo nastudovat tématiku homologních proteinů, navrhnout a vytvořit metodiku pro jejich vyhledávání v PDB a poté demonstrovat použitelnost navrženého řešení na konkrétním případě. Tuto metodiku jsem navrhla, aby bylo možné použít již anotované a publikované výsledky získané pomocí programu MOLE 2.0 a rozšířit je na další struktury v PDB. Nástroj MOLE 2.0 jsem použila k nalezení již publikovaných a anotovaných tunelů ve vybraných modelových proteinech a následně jsem vyhledávala tytéž tunely v předpokládaných homologních proteinech. Výsledkem mojí práce je nová funkční metodika a vytvořená aplikace HomologSearcher, která vyhledává homologní proteiny v PDB.

Abstract:

The aim of this bachelor thesis was to study the topic of homologous proteins, propose and implement methodics on how to find them and tne demonstrate the practicabillity of the methodics on a particular example. I proposed this methodics, so that we can use results obtained from MOLE 2.0, that were already annotated and published and extend them to other structures in PDB. I used the MOLE 2.0 tool to identify tunnels in chosen model proteins, that were already published and annotated. Then I looked for the same tunnels in the supposedly homologous structures. As a result of my work, there is a new functional methodics and an application, that searches the PDB for homologous proteins.

Keywords

Protein, homolog, přiložení, tunel, BLAST, TM-align, HomologSearcher, MOLE 2.0, alignment, tunnel

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2014
• Vedúci: RNDr. Lukáš Pravda

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Chemoinformatics and Bioinformatics