Interakce CTD-interakčních domén s C-teminální doménou RNA polymerázy II

Mgr. Pavel Veverka

Bachelor's thesis

Interaction of CID domains with CTD or RNA Pol II

Anotácia:

Tato bakalářská práce se věnuje studiu a určení struktury posttranslačně modifikované CTD RNA Polymerázy II pomocí NMR spektroskopie. C-terminální doména neboli karboxyl terminální doména (CTD) RNA Polymerázy II má speciální biologické funkce během různých fází transkripčního cyklu, determinované změnami, jako je například post-translační fosforylace, což vede k ovlivnění afinity CTD k proteinovým faktorům, zejména CTD-interagujících domén (CID). CTD je ve své volné formě velmi flexibilní proteinovou doménou, jejíž strukturu není možné určit tradičními přístupy ať už rentgentové krystalografie nebo nukleární magnetické rezonance. V této bakalářské práci je aplikován poměrně nový a rozvíjející se přístup ke studiu flexibilních a nestrukturovaných biomolekul pomocí nukleární magnetické rezonance. Experimentální část se tedy zabývá měřením NMR dat pro přiřazení rezonančních frekvencí páteřových atomů CTD. Dále je v experimentální části uvedeno měření NMR titračních dat při studiu interakce mezi CTD a CID doménami proteinu Nrd1.

Abstract:

This thesis deals with study and determination of the structure of post-translationally modified RNA polymerase II CTD using NMR spectroscopy. C-terminal domain or the carboxyl terminal domain (CTD) of RNA polymerase II has a special biological function during the various phases of the transcription cycle, determined by its changes, such as post-translational phosphorylation, which leads to influence of the affinity of the CTD to various protein factors, especially the CTD-interacting domain (CID). Free form of CTD is highly flexible protein domain whose structure cannot be determined by traditional attitudes approaches such as X-ray crystallography or tradicional nuclear magnetic resonance. In this work it is applied a fairly new and evolving approach to the study of flexible and unstructured biomolecules using nuclear magnetic resonance wiht non-linear sampling and carbon detection. Experimental part therefore deals with the measurement of NMR data for the assignment of resonance frequency of CTD backbone atoms. The experimental section summarizes acquision of NMR titration data in the study of interactions between CTD and the CID domain protein of Nrd1.

Kľúčové slová

RNA polymeráza II, CTD, CID, fosforylace, NMR, 5D, nelineární vzorkování, uhlíková detekce, Sparky, YSPTSPS, RNA polymerase II, phosphorylation, non-linear sampling, carbon detection

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2013
• Vedúci: Mgr. Karel Kubíček, PhD.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Physics / Biophysics