Analýza a charakteristika polymorfních cross-species mikrosatelitů pro determinaci paternity u ibise rudého (Eudocimus ruber)

Bc. Jana VRBATOVÁ

Diplomová práce

The analysis and characterization of polymorphic cross-species microsatellites for determination of paternity in scarlet ibis (Eudocimus ruber)

Anotace:

Tato diplomová práce se zabývala hledáním polymorfních mikrosatelitových lokusů u ibise rudého (Eudocimus ruber), které by byly vhodné pro stanovení a ověření genetických vztahů u tohoto druhu. Teoretická část této diplomové práce se nejprve věnuje podrobnějšímu popisu ibise rudého a jeho zařazení do systému, dále se zabývá obecnou charakteristikou mikrosatelitových lokusů, jejich vlastnostmi a jejich mutačními procesy a především se věnuje popisu polymorfních mikrosatelitů izolovaných z DNA druhů patřících do řádu brodivých (Ciconiiformes). Pro hledání polymorfních mikrosatelitů jsem použila metodu založenou na PCR amplifikaci mikrosatelitových lokusů s cross-species primery, které byly odvozeny z DNA taxonomicky příbuzných druhů z řádu brodivých (Ciconiiformes), ale i z DNA druhů patřících do evolučně vzdálenějších řádů dlouhokřídlých (Charadriiformes), potápek (Podicipediformes), potáplic (Gaviiformes), sudokopytníků (Artiodactyla), tučňáků (Sphenisciformes) a vrubozobých (Anseriformes).

Abstract:

This master thesis dealt with finding polymorphic microsatellite loci for scarlet ibis (Eudocimus ruber), which would be suitable for the determination and validation of genetic relationships of this species. The theoretical part of this master thesis deals firstly with a detailed description of the scarlet ibis and its taxonomy, discusses the general characteristics of microsatellite loci, their properties and their mutational processes and mainly deals with the description of polymorphic microsatellite DNA isolated from species belonging to the order of Ciconiiformes. To search for polymorphic microsatellites I used a method based on PCR amplification of microsatellite loci in a cross-species primers that were derived from DNA taxonomically related species of the order of Ciconiiformes, but also the DNA of species belonging to the evolutionarily distant orders Charadriiformes, Podicipediformes, Gaviiformes, Artiodactyla, Sphenisciformes and Anseriformes.

Klíčová slova

ibis rudý, mikrosatelity, polymorfní lokusy, cross-species amplifikace

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2011

Zveřejnit od: 12. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 6. 2011
• Vedoucí: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie