Nové poznatky o evoluci řas ve světle genomiky a molekulární fylogenetiky

Mgr. Tereza ŠEVČÍKOVÁ

Doctoral thesis

New Insights Into the Evolution of Algae in Light of Genomics and Molecular Phylogenetics

Abstract:

Algae are dominant primary producers on the Earth and have a great impact on global production and biogeochemical cycles. Due to physical properties of algae, their predominantly minute cell sizes and simple morphology, modern omics approaches offer a tool to explore those peculiar organisms. In this thesis I provide an overview on the progress in algal genomics during recent years and summarize inferences generated from the analysis of the sequence information. I present six publications with my co-authorship that explore algal genomes from different perspectives. On the one hand, comparison of mitochondrial and plastid genomes of eustigmatophytes provide an important piece of knowledge on the evolutionary history of the organelles and the whole organisms. In a broader sense it can help to understand biological processes that relate to acquisition and maintenance of those ancient endosymbionts. On the other hand, tracing the evolution of terminal parts of nuclear chromosomes, telomeres, provides insights into the evolution of the genome stability and points towards an unexpected flexibility of telomeric sequences. Lastly, description of a new algal genus testifies that a high proportion of algal diversity is still undescribed and that molecular methods provide an efficient tool for algal classification.

Abstract:

Řasy jsou hlavními primárními producenty na Zemi a výrazně se podílí na globální produkci a biochemických cyklech. Díky svým fyzickým vlastnostem, jakými jsou malá velikost a jednoduchá morfologie, jsou ideálními nástroji jejich studia moderní ?omics? přístupy. Překládaná práce poskytuje přehled o pokrocích v genomice řas během posledních několika let a shrnuje závěry vyvozené z vlastní analýzy sekvencí. Ve svých šesti publikacích, kde jsem spoluautorkou, a které jsou součástí této práce, je na genomy řas nahlíženo z různých perspektiv. Na jednu stranu srovnání mitochondriálních a plastidových genomů poskytuje důležitou znalost o evoluční historii těchto organel a celých organismů. Na druhou stranu sledování evoluce koncových částí jaderných chromosomů, telomer, umožňuje vhled do evoluce stability genomu a naznačuje neočekávanou flexibilitu telomerových sekvencí. Závěrem, popis nového rodu řasy potvrzuje, že velká část řasové diverzity je stále nepopsána a že molekulární metody poskytují efektivní nástroj pro klasifikaci řas.

Keywords

řasy, genomika, Eustigmatophyceae, molekulární taxonomie, telomery

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 11. 2015

Accessible from:: 16. 11. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 18. 12. 2015
• Supervisor: doc. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Doctoral programme / field:
Biology / Biology