Molekulová dynamika cyklin-dependentních protein kinas – Mgr. Iveta Bártová, Ph.D.
Mgr. Iveta Bártová, Ph.D.
Doctoral thesis
Molekulová dynamika cyklin-dependentních protein kinas
Molecular dynamics on cyclin-dependent kinases
Abstract:
Cyklin-dependentní kinasy (CDK) (EC 2.7.1.37) přísluší do katalytické podjednotky heterodimerních serin/threonin protein kinas (patří zde např. CDK1, CDK2, CDK4), které jsou v eukaryotických buňkách důležité pro regulaci mnoha kritických biologických procesů. Role CDK5, jenž náleží také mezi CDK enzymy, je rovněž nebuněčná. CDK5 se nachází v post-mitotických buňkách centrálního nervového systému a …moreAbstract:
upiny ATP. Pozice a orientace g-fosfátové skupiny ATP vzhledem k serinu, fosforylačnímu místu substrátu HHASPRK, byla sledována v aktivní CDK2 a porovnána k jejímu umístění a orientaci, kterou získala po inhibiční fosforylaci CDK2. Inhibiční fosforylace způsobila změnu konformace a orientace ATP, která byla vhodná pro přenos fosfátové skupiny. Zároveň dochází také ke změně koordinační sféry Mg2+ iontu …moreAbstract:
The cyclin-dependent kinases (CDKs) (EC 2.7.1.37) are the catalytic subunits of a large family of heterodimeric serine/threonine protein kinases, which are important for regulation of many biologically critical processes in eukaryotic cell (for example CDK1, CDK2, CDK4). CDK5, one of CDK family members having also the non-cell-cycle role, is expressed in post-mitotic cells of the central nervous system …moreAbstract:
e destabilization. All mentioned effects explain the lost of kinase activity after inhibitory phosphorylation in the G-loop. The interactions of the specific residues for substrate HHASPRK binding to CDK2 were studied with MD simulations. The results clearly provided an explanation previously not known as to why a basic residue (R/K) is preferred at the P2 peptide substrate position. The R2 interacts …more
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 4. 2006
Identifier:
https://is.muni.cz/th/ei04y/
Thesis defence
- Date of defence: 10. 4. 2006
- Supervisor: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Citation record
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceDoctoral programme / field:
Biochemistry / Biomolecular Chemistry
Theses on a related topic
-
Nucleation of water and argon in supersonic molecular beams by the molecular dynamics method
Martin Klíma -
Molekulová dynamika dvou řetězců hyaluronanu ve směsných rozpouštědlech (virtuální experiment)
Alena Kolaříková -
Molecular Modelling of Structure-Function Relationships in Enzymes
David Bednář -
Reaction mechanisms of glycosyltransferases studied by Ab Initio molecular dynamics
Pavel Janoš -
Struktura a dynamika nukleových kyselin
Viktor Illík -
Struktura a dynamika RNA
Marek Havrila -
Molekulová dynamika a výpočty volných energii mono a di-nukleotidových analogů s potenciálním antibiotickým účinkem
Hana Zigová -
Three dimensional structure determination of a biopolymer using molecular dynamics and experimental restraints measured in isotropic media and oriented phases
Josef Chmelík