Program pro podobnostní vyhledávání a správu databáze hmotnostních spekter proteinů

Mgr. Jan Hapala, Ph.D.

Bakalářská práce

A program for similarity searching and management of a protein mass spectra database

Anotace:

Cílem této práce bylo vytvořit aplikaci umožňující ukládat data o bakteriálních kmenech pořízených hmotnostním spektrometrem a v těchto datech efektivně vyhledávat. Pro tento účel není vhodné použít klasickou relační databázi, nýbrž techniku metrických prostorů. V případě hmotnostních spekter totiž potřebujeme vyhledávat podobná, ne jen stejná spektra.

Abstract:

The goal of this work was to create a program for storing mass spectra and for their effective look-up. For this purpose the use of relational database does not show to be useful. It is neccessary to use metric space approach. In such cases we want to be able to find similar sequences, not only identic ones.

Klíčová slova

analýza dat, bakteriální data, databáze spekter proteinů, faces, hmotnostní spektrometrie, kosinová vzdálenost, metrické prostory, mobios, vyhledávání data analysis, bacterial data, protein spectra database, JavaServer Faces, mass spectrometry, cosine distance, metric spaces, look-up

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2007

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2007
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika