Frekvence vybraných polymorfismů asociovaných s hladinou kančího pachu u čistokrevných populací prasat

Ivana Hovorková

Bachelor's thesis

Frequency of selected polymorphisms associated with the level of boar taint in purebred pig populations

Abstract:

Cílem bakalářské práce bylo zjistit frekvence vybraných polymorfismů asociovaných s hladinou kančího pachu u vybraných čistokrevných plemen prasat. Dále ověřit hypotézu, že ve vybraných populacích je rozdílná frekvence genotypů u sledovaných jednonukleotidových polymorfismů (Single nucleotide polymorphisms – SNP). Literární rešerše pojednává o výskytu genů v populacích prasat a jejich různému výskytu mezi plemeny a mezi jedinci daného plemene. Popisuje, jak se jejich zastoupení měnilo působením šlechtitelských metod. Dále se věnuje kančímu pachu a jeho eliminaci, genetickým markerům a metodám, kterými je lze sledovat. Součástí rešerše je také výčet genů spojených s kančím pachem. Pro ověření hypotéz bylo využito 141 prasat 3 plemen – 53 Duroc, 50 Landrace a 38 evropských prasat divokých „divočák“. Od testovaných zvířat byly získány vzorky krve a tkáně, ze kterých byla izolována DNA a amplifikována pomocí PCR. Genotypy byly determinovány metodou PCR-RFLP a následnou elektroforézou. Jejich vizualizace byla provedena umístěním gelu pod UV-lampu. Výsledky pak byly zpracovány Hardy-Weinbergovou rovnováhou. Celkem byly sledovány 4 geny a 7 SNP: CYP2E1 (g.1423G>A, g.1422C>T, g.2412C>T), CYP17A1 (c.1220T>A), SULT1A1 (c.439A>G, c.846T>A) a CYB5A (c.8G>T), které jsou asociovány s hladinou androstenonu a skatolu. Největší genotypová diverzita byla mezi plemeny pozorována u dvou ze čtyř genů – CYP2E1 a CYB5A. U zbylých dvou genů byla frekvence genotypů velice podobná. Největší diverzity v rámci jednoho plemene dosahovala Landrace, u které byly obvykle zastoupeny všechny hledané genotypy. Naproti tomu u Duroca a divočáka byla genotypová diverzita velmi nízká a zároveň se téměř shodovala i četnost genotypů s výjimkou SNP g.1423G>A a g.2412C>T. U SNP g.1422C>T, která je hodnocena jako významná pro kančí pach, dosahovali Duroc a divočák podobných výsledků. Frekvence alely C u Duroca byla 0,991 a u divočáka 0,974, oproti tomu Landrace měla zastoupení této alely 0,630.

Abstract:

The aim of this bachelor thesis was to analysed frequency of selected polymorphisms associated with the level of boar taint in purebred pig populations. Furthermore, to validate hypothesis, that in purebred populations there is a different frequency of genotypes in Single nucleotide polymorphisms (SNPs). Literature review deals with occurrence of genes in pig populations and its different occurrence between breeds and within individuals, and how its substitution changed by effect of breeding programs. Boar taint and its elimination, together with genetic markers and genetic methods are the main theme of this work. The list of genes associated with boar taint is included. To verify the hypothesis 141 pigs of 3 breeds – 53 Duroc, 50 Landrace and 38 Europe wild pig were used. From tested animals were gotten samples of blood and tissue from which was DNA isolated and amplificated with the use of PCR. Genotypes were determined by PCRRFLP and electrophoresis. The visualisation was performed by putting the gel under UV lamp. The results were evaluated by Hardy-Weinberg equilibrium. Overall 4 genes and 7 SNPs: CYP2E1 (g.1423G>A, g.1422C>T, g.2412C>T), CYP17A1 (c.1220T>A), SULT1A1 (c.439A>G, c.846T>A) a CYB5A (c.8G>T) were analysed. All of which are associated with androstenone and skatole level. The biggest genotype diversity among breeds was found between two of four genes – CYP2E1 and CYB5A. Between the remaining two genes the frequency of genotypes was almost the same. The biggest diversity within one breed was in Landrace, in which all found genotypes usually occurred. On the other hand, between Duroc and wild pig the genotype diversity was very low, and the frequency of genotypes, excluding SNPs g.1423G>A and g.2412C>T, was almost same. Duroc and wild boar had similar results of SNP g.1422C>T, which is significant associated with boar taint. Frequency of allele C by Duroc was 0,991 and by wild boar 0,974, compared to Landrace who´s frequency was 0,630.

Keywords

kančí pach, geny, polymorfismus

Keywords

boar taint, genes, polymorphism

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 4. 2019

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Kateřina Zadinová, Ph.D.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Agrobiology, Food and Natural Resources

Bachelor programme / field:
Animal Science / Animal Science