Analýza a charakteristika polymorfních cross-species mikrosatelitů u čápa bílého (Ciconia ciconia), černého (C. nigra) a simbila (C. abdimii).

Bc. Eva FIŠEROVÁ

Master's thesis

The analysis and characterization of polymorphic cross-species microsatellites in White Stork (Ciconia ciconia), Black Stork (C. nigra) and Abdim's Stork (Ciconia abdimii).

Abstract:

Tato diplomová práce byla vypracována na téma: Analýza a charakteristika polymorfních cross-species mikrosatelitů u čápa bílého (Ciconia ciconia), černého (C. nigra) a simbila (C. abdimii). V teoretické části své diplomové práce jsem se zabývala charakteristikou řádu brodiví (Ciconiiformes), jeho čeledi čápovití (Ciconiidae) a rodu čáp (Ciconia), kam patří právě výše zmíněné tři druhy čápů. Dále jsem obecně popsala mikrosatelity jako molekulární markery. A v poslední kapitole jsem stručně charakterizovala všechny dodnes nalezené polymorfní mikrosatelitové lokusy u ptáků z řádů brodiví, dlouhokřídlí (Charadriiformes), plameňáci (Phoenicopteriformes), potápky (Podicipediformes a veslonozí (Pelecaniformes). V experimentální části jsem se věnovala hledání polymorfních mikrosatelitových lokusů u čápa bílého, čápa černého a čápa simbila. Využila jsem k tomu metodu cross-species PCR amplifikace a 31 párů primerů původně navržených pro jiné druhy z řádu brodiví a potápky. U čápa černého a čápa simbila jsem nenalezla žádné polymorfní produkty. U čápa bílého jsem detekovala 5 polymorfních mikrosatelitových lokusů s počtem alel 2-4. V bakalářských pracích Nevimové (2012) a Novosadové (2012) bylo nalezeno celkem 50 párů primerů od druhů z řádu brodiví, dlouhokřídlí, plameňáci a veslonozí, které daly polymorfní produkty u 6 nepříbuzných jedinců čápa simbila. V mé práci bylo těchto 50 polymorfních lokusů genotypováno na 10 nepříbuzných jedincích čápa simbila. Pomocí statistického programu Cervus 3.0.3 byly získány detailní charakteristiky 46 hodnotitelných polymorfních lokusů a pomocí programu Genepop 4.1 byla určena částečná vazba mezi dvěma lokusy Wsu17 a Wsu18. Dále jsem u 5 polymorfních mikrosatelitových lokusů detekovala pravděpodobnou vazbu na chromozom Z a jeden lokus jsem vyhodnotila jako pohlavní marker.

Abstract:

I processed this master thesis on the topic: Analysis and characterization of polymorphic cross-species microsatellites in White Stork (Ciconia ciconia), Black Stork (C. nigra) and Abdim´s Stork (C. abdimii). In the theoretical part of my master thesis I dealt with the description of the order Ciconiiformes, of its family Ciconiidae and genus Ciconia, which includes the above mentioned types of Storks. I also briefly described microsatellites as molecular markers. In the last chapter I descripted all known polymorphic microsatellite loci of the orders Ciconiiformes, Charadriiformes, Phoenicopteriformes, Podicipediformes and Pelecaniformes. In the experimental part I focused on the search of polymorphic microsatellite loci in White Stork, Black Stork and Abdim´s Stork. I applied the method of cross-species PCR amplification, and I tested 31 primer pairs originally designed for the polymorphic microsatellites for birds belonging to orders Ciconiiformes and Podicipediformes. I did not find any polymophic loci in Black Stork and Abdim´s Stork. In White Stork I found 5 polymorphic microsatellite loci with the number of allele ranged from 2 to 4. Totally 50 primer pairs designed for the polymorphic microsatellite loci for birds belonging to orders Ciconiiformes, Charadriiformes, Phoenicopteriformes and Pelecaniformes. They were polymorphic in 6 unrelated individuals of Abdimi´s Stork in bachelor thesis of Nevimová (2012) and Novosadová (2012). In my master thesis these 50 polymophic loci were genotyped in 10 unrelated individuals of the Abdim´s Stork. By analysing genotypes were obtained detail characteristics of 46 evaluable polymophic loci using a statistical program Cervus 3.0.3. The partial physical linkage was found out among two microsatellites, Wsu17 a Wsu18, using a statistical program Genepop 4.1. I also detected 5 sex-linked microsatellite loci probably linked to chromosome Z and one acted similar to a marker for sex determination.

Keywords

mikrosatelity, cross-species PCR amplifikace, čáp bílý (Ciconia ciconia), čáp černý (Ciconia nigra), čáp simbil (Ciconia abdimii)

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 29. 7. 2014

Accessible from:: 29. 7. 2014

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology