Regulace sestřihu RNA u LDL receptoru a její studium pomocí high throughput metod

Bc. Pavla Zíková

Master's thesis

RNA splicing regulation in LDL receptor and its study using high throughput methodology

Abstract:

Sestřih RNA je důležitý proces, při němž dochází k odstranění nekódujících intronů a ke spojení kódujících exonů. Proces sestřihu probíhá na základě rozpoznání 5‘ a 3‘ míst sestřihu a je regulován velkým množstvím faktorů. Mutace ovlivňující sestřih RNA se mohou vyskytovat nejen v místech sestřihu, ale i v regulačních elementech, uvnitř exonu či intronu. Predikce vlivu jednotlivých mutací je značně komplikovaná. S využitím dostupných bioinformatických nástrojů nelze spolehlivě predikovat vliv konkrétních mutací a je nutné experimentální ověření. Tato práce se zabývala studiem vlivu substitucí na sestřih RNA u vybraného exonu genu LDLR. Byla provedena sestřihová minigenová analýza, která se standardně ke studiu sestřihu RNA používá.

Abstract:

RNA splicing is an essential process in which non-coding introns are removed and coding exons are joined. The splicing process is based on the recognition of 5‘ and 3‘ slice sites and is regulated by a number of factors. Mutations affecting RNA splicing can occur not only at splice sites, but also at different exonic or intronic regulatory elements. The prediction of the mutations‘ effects is complicated. Using the available bioinformatics tools, the effect of specific mutations cannot be reliably predicted, and experimental verification is required. This work studied substitutions affecting RNA splicing in the selected exon of the LDLR gene. A minigene splicing assay was performed, which is a standard approach for RNA splicing studies.

Keywords

LDLR, sestřih RNA, minigenová sestřihová analýza, mutace ovlivňující sestřihRNA splicing, minigene splicing assay, splicing-affecting mutations

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 5. 2019

Thesis defence

• Date of defence: 5. 6. 2019
• Supervisor: Mgr. Přemysl Souček, Ph.D.
• Reader: Mgr. Zuzana Feketová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics