Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu veslonozí a plameňáci u čápa simbila (Ciconia abdimii).

Eva NOVOSADOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Pelecaniformes and Phoenicopteriformes in Abdim's Stork (Ciconia abdimii).

Abstract:

Tato bakalářská práce se zaměřila na hledání polymorfních mikrosatelitových lokusů metodou cross-species PCR amplifikace u čápa simbila (Ciconia abdimii) pomocí párů primerů odvozených od zástupců z řádu veslonozí (Pelecaniformes) a plameňáci (Phoenicopteriformes). V teoretické části mé bakalářské práce byla řešena témata: zařazení čápa simbila do systému, mikrosatelity odvozené z řádu plameňáci a veslonozí, tandemově repetitivní sekvence, zastoupení mikrosatelitův ptačím genomu a využití mikrosatelitní DNA. V experimentální části se bakalářská práce zabývá hledáním polymorfních mikrosatelitních lokusů metodou cross-species PCR amplifikace pomocí 198 párů primerů odvozených od zástupců z řádu plameňáci a veslonozí. Produkty PCR amplifikace byly následně podrobeny elektroforetické separaci v polyakrylamidovém gelu. Po vizualizaci byla u polymorfních mikrosatelitních lokusů optimalizována teplota annealingu a čas elektroforetické separace. Ze 198 párů primerů, 24 amplifikovalo polymorfní mikrosatelitní lokusy. 10 párů primerů pocházelo od plameňáků a 14 od veslonohých.

Abstract:

This bachelor thesis is focused on finding of polymorphic microsatellite loci by cross-species PCR amplification in the Abdim´s stork (Ciconia abdimii), using the primers derived from bird species of the order of Phoenicopteriformes and Pelecaniformes. In the theoretic part of my bachelor thesis were described following topics: classification of Abdim´s stork, microsatellites derived from the odrer of Phoenicopteriformes and Pelecaniformes, tandem repeats, number of microsatellite loci in the avian genome and the use of microsatellite DNA. In the experimental part I was finding polymorphic microsatellite loci by cross-species PCR amplification using 198 pairs of primers derived from the order of Phoenicopteriformes and Pelecaniformes. Products of PCR amplification were separated by electrophoresis in polyacrylamide gel. Then I was optimizing temperatures of anneling and time of electrophoretical seperation.24 of 198 pairs of primersamplified polymorphic microsatellite loci. 10 pairs of primers were derived from Phoenicopteriformes and 10 were derived from Pelecaniformes.

Keywords

Cross-species PCR amplifikace, mikrosatelit, čáp simbil

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 27. 4. 2012

Accessible from:: 27. 4. 2012

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology