Detekce patogenů lilku bramboru přežívajících v půdě

Nikola Valkovičová

Bakalářská práce

Detection of soil-surviving pathogens of potato

Anotace:

Bakalářská práce se zabývala detekcí a sekvenací patogenů lilku bramboru přežívajících v půdě. Pozornost je věnována především patogenům rodu Fusarium. Tyto patogeny způsobu-jí suchou hnilobu brambor, která vytváří povlaky bílého mycelia a hlíza následně mumifikuje, není vhodná ke konzumaci a snižuje se výnos. Pro detekci patogenů byla zvolena jedna z nejpřesnějších metod – PCR. Pro detekci pato-genů rodu Fusarium z infikovaných bramborových hlíz byla použita konvenční PCR s nespecifickými primery ITS4 a ITS5 nasedající do oblasti mezi geny, které kódují RNA ITS4 a ITS5. Pro detekci patogenů z půdy byla zvolena real–time PCR s primery ITS1F a AFP346 nasedající do oblasti, které kódující nRNA a mezerníky ITS1 a ITS2. Testovaná půda byla uměle inokulována neznámým izolátem rodu Fusarium získaným z bramborové hlízy a sbírkovým izolátem Fusarium solani var. coeruleum. Sekvenace potvrdi-la infekci hlízy bramboru patogenem Fusarium culmorum a objasnila tak obtížnost kvantifika-ce.

Abstract:

The bachelor's thesis dealt with the detection and sequencing of soil-borne pathogens of pota-to eggplant. The focus is mainly on pathogens of the genus Fusarium. These pathogens cause such potato rot, which forms white mycelium coatings and subsequently mummifies, that it is not suitable for consumption and the yield is reduced. One of the most accurate methods was chosen for the detection of pathogens – PCR. For the detection of Fusarium pathogens from other potato tubers, conventional PCR was used with non-specific primers ITS4 and ITS5 annealing to the region between the genes that code for ITS4 and ITS5 RNA. For the detection of pathogens from the soil, real–time PCR was chosen with primers ITS1F and AFP346 sitting in the region that encode nRNA and space bars ITS1 and ITS2. The tested soil was artificially inoculated with an unknown isolate of the genus Fusarium obtained from a potato tuber and a collection isolate of Fusarium solani var. coeruleum. Se-quencing confirmed infection of the potato tuber with Fusarium culmorum, clarifying the dif-ficulty of quantification.

Klíčová slova

srpovnička modravá, sekvenace, suchá hniloba bramboru, konvenční PCR, qPCR primery

Keywords

DNA isolation, polymerase chain reaction, primers, Fusarium solani, Fusarium coeruleum, sequencing

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 4. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 6. 2023
• Vedoucí: Ing. Barbora Jílková, Ph.D.
• Oponent: Radovan Pokorný, Ph.D.

Mendelova univerzita v Brně

Agronomická fakulta

Bakalářský studijní program / specializace:
Fytotechnika / Rostlinolékařství