Metody meta-analýzy výsledků CGH, expresních a microRNA array studií.

RNDr. Ivana Ihnatová, Ph.D.

Bakalářská práce

Methods of meta-analysis of data from microarray experiments.

Abstract:

The methods of analysis of microarray experiments are well studied. Recently, the research is focused on the problematics of combining of information from different microarray experiments – so called meta-analysis of microarrays. The aim of this work was to make the review of methods published on this topic so far together with the review of the software implementation. The characteristics of interest were: goal and principle of the particular method, number of compared experiments, requirements on list of input genes, type of analyzed microarrays, input format, output, and software implementation. It was found that methods of meta-analysis of microarrays are very various but they share a common output – list of differentially expressed genes.

Abstract:

Problematika analýzy microarray dát je v súčasnej dobe už pomerne dobre preštudovaná. Do popredia sa dostáva problematika kombinovania výsledkov jednotlivých microarray štúdií – teda metód tzv. meta-analýzy microarray experimentov. Cieľom tejto práce bolo vytvoriť čo najobšírnejší prehľad doposiaľ publikovaných metód a ich softwarovej implementácie. Pri popise metód sme sledovali: cieľ a princíp metódy, počet vstupných súborov, požiadavky na množinu skúmaných génov, typ analyzovaných micorarray sklíčok, vstupný formát, výstupy a softwarovú implementáciu. Zistili sme, že metódy meta-analýzy microarrayí sú veľmi rôznorodé. Spoločným výstupom takmer všetkých metód je zoznam rozdielne exprimovaných génov.

Klíčová slova

meta-analýza, microarrays, génová expresia

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 5. 2008

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 6. 2008
• Vedoucí: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Matematická biologie