Optimalizace amplifikace DNA izolované z bukálních stěrů pro účely sekvenování

Kristýna ROŠTÍKOVÁ

Bakalářská práce

Optimization of DNA amplification isolated from buccal swabs for sequencing purposes

Anotace:

Tématem této bakalářské práce je problematika odběru primárních vzorků DNA z bukální sliznice, ideální délka a optimální podmínky skladování vzorků DNA a následná analýza těchto vzorků. Teoretická část je zaměřena na preanalytickou fázi laboratorního vyšetření. Věnuje se tedy způsobům odběru vzorků a typem materiálu, který se nejčastěji využívá pro izolaci DNA v molekulárně biologické laboratoři. Dále také na samotné metody, jenž se využívají pro analýzu DNA. Tedy izolaci DNA, metody amplifikace DNA, elektroforézu nukleových kyselin a sekvenování DNA. V praktické části bylo zpracováno 42 odebraných vzorků. Nejprve se ze vzorků izolovala DNA, u které se změřila její koncentrace a čistota. Poté se u těchto vzorků provedla elektroforéza a na základě jejích výsledků bylo rozhodnuto o tom, které vzorky se budou dále zpracovávat pomocí PCR. Následně se pomocí elektroforézy zjistilo, zda u vzorků proběhla amplifikace DNA. Nakonec byly vybrány vzorky, které se odeslaly na sekvenování. Závěrem bakalářské práce bylo zjištění optimální délky a podmínek skladování vzorků z bukální sliznice, a také jak tyto parametry ovlivňují kvalitu, čistotu a množství DNA. K tomu byly využity výsledky získané během analýzy vzorků DNA.

Abstract:

The topic of this bachelor thesis is the issue of DNA sampling from the buccal primary mucosa, the ideal length and optimal storage conditions of DNA samples and subsequent analysis of these samples. The theoretical part is focused on the preanalytical phase of the laboratory examination. It therefore deals with sampling methods and the type of material that is most often used for DNA isolation in the molecular biology laboratory. Furthermore, the methods used for DNA analysis. Thus, DNA isolation, DNA amplification methods, nucleic acid electrophoresis and DNA sequencing. In the practical part, 42 samples were processed. First, DNA was isolated from the samples and its concentration and purity were measured. These samples were then electrophoresed and the results were used to determine which samples would be further processed by PCR. Subsequently, the samples were amplified by DNA electrophoresis. Finally, samples were selected and sent for sequencing. The conclusion of the bachelor thesis was to determine the optimal length and storage conditions of samples from the buccal mucosa, as well as how these parameters affect the quality, purity and quantity of DNA. The results obtained during the analysis of the DNA samples were used for this purpose.

Klíčová slova

Primární vzorek, bukální stěr, podmínky skladování, izolace DNA, elektroforéza, PCR, sekvenování

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Tomáš Nix, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Zdravotně sociální fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Specializace ve zdravotnictví / Zdravotní laborant