Formal Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Processes

Bc. Matej Troják

Diplomová práce

Anotace:

V tejto práci definujeme formálny modelovací jazyk založený na pravidlách ako formálnu časť Biochemického priestoru. Biochemický priestor je formát slúžiaci na popis reakčných sieti biologických procesov. Skladá sa z formálnej časti pre popis a neformálnej časti pre anotáciu dát. Biochemický priestor je vyvíjaný ako súčasť webovej platformy Comprehensive Modelling Platform slúžiacej na modelovanie a analýzu biologických systémov. Umožňuje vymedziť vzťah matemetických modelov voči ich biologickému významu na určitej úrovni abstrakcie.

Abstract:

In this thesis, we define a formal rule-based language suitable for description and analysis of biological systems as a formal part of Biochemical Space. Biochemical Space is a semi-formal notation for reaction networks of biological systems. It is being developed as a part of the Comprehensive Modelling Platform - a web-based platform for modelling and analysis of biological processes. It provides a concise mapping of mathematical models to their biological description established at a desired level of abstraction. It is enabled by combining state-of-the-art rule-based techniques with meta-data formats developed in well-known annotation databases.

Keywords

formal specification, biological systems, systems biology, rule-based language

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 12. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 5. 2. 2018
• Vedoucí: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Samuel Pastva

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika