Rozšíření a refaktorizace nástroje BioDiVinE

Bc. Martin Demko

Master's thesis

Extension and refactorisation of BioDiVinE tool

Abstract:

This thesis introduces an extension of the BioDiVinE tool in the supported formalism for dynamical models. In particular, a new general description of input model that facilitates non-linear functions constructed from sigmoidal functions is considered. This extension requires a conversion of a non-linear input model to multi-affine model so that the new version of tool can still perform model checking on the extended models. The tool BioDiVinE 1.0 is extended to version 1.1 that in addition to the extension to support non-linear models also introduces a comprehensive command-line interface that allows easy access to all relevant functionalities.

Abstract:

Práca sa venuje rozšíreniu nástroja BioDiVinE o nový obecnejší popis vstupného modelu podporujúceho aj nelineárne funkcie prevažne sigmoidálneho charakteru. Zároveň s tým musí nová verzia tohto programu poskytovať aj prechod od nelineárneho vstupného modelu k multi-afinnému, aby sa mohol nový nástroj využívať k pôvodnému účelu, a síce k overovaniu vlastností modelov. Keďže sa v skutočnosti jedná o sadu nástrojov a nie o ucelený program, dali sme si za úlohu zmeniť túto skutočnosť a vytvoriť pre užívateľa jednoduchú, ale použiteľnú konzolovú aplikáciu, ktorá bude zahŕňať pôvodnú funkcionalitu.

Keywords

ordinárne diferenciálne rovnice, po častiach multi-afinný ODE model, nelineárne regulačné funkcie, overovanie modelov, LTL, Michaelis-Mentenovej kinetika, Hillova kinetika, ordinary differential equations, piecewise multi-affine ODE model, non-linear regulatory functions, model checking, Michaelis-Menten kinetics, Hill equation

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 26. 5. 2014

Thesis defence

• Date of defence: 23. 6. 2014
• Supervisor: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Reader: RNDr. Mgr. Jana Dražanová

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics