Rozšíření a refaktorizace nástroje BioDiVinE

Bc. Martin Demko

Diplomová práce

Extension and refactorisation of BioDiVinE tool

Abstract:

This thesis introduces an extension of the BioDiVinE tool in the supported formalism for dynamical models. In particular, a new general description of input model that facilitates non-linear functions constructed from sigmoidal functions is considered. This extension requires a conversion of a non-linear input model to multi-affine model so that the new version of tool can still perform model checking on the extended models. The tool BioDiVinE 1.0 is extended to version 1.1 that in addition to the extension to support non-linear models also introduces a comprehensive command-line interface that allows easy access to all relevant functionalities.

Abstract:

Práca sa venuje rozšíreniu nástroja BioDiVinE o nový obecnejší popis vstupného modelu podporujúceho aj nelineárne funkcie prevažne sigmoidálneho charakteru. Zároveň s tým musí nová verzia tohto programu poskytovať aj prechod od nelineárneho vstupného modelu k multi-afinnému, aby sa mohol nový nástroj využívať k pôvodnému účelu, a síce k overovaniu vlastností modelov. Keďže sa v skutočnosti jedná o sadu nástrojov a nie o ucelený program, dali sme si za úlohu zmeniť túto skutočnosť a vytvoriť pre užívateľa jednoduchú, ale použiteľnú konzolovú aplikáciu, ktorá bude zahŕňať pôvodnú funkcionalitu.

Klíčová slova

ordinárne diferenciálne rovnice, po častiach multi-afinný ODE model, nelineárne regulačné funkcie, overovanie modelov, LTL, Michaelis-Mentenovej kinetika, Hillova kinetika, ordinary differential equations, piecewise multi-affine ODE model, non-linear regulatory functions, model checking, Michaelis-Menten kinetics, Hill equation

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 23. 6. 2014
• Vedoucí: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Mgr. Jana Dražanová

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika