Analýza a vizualizace dat programem Nemesis

Bc. Matej Števuliak

Bakalářská práce

Data Analysis and Visualization in Nemesis Program

Abstract:

This Bachelor's thesis is dedicated to the analysis of atomic charges obtained by using RESP procedure. For this purpose were in program Nemesis developed two functional units inside Nemesis. GESPImportTool and GESPAsRESPImportTool, which are processing the output file from ESP calculation and and provide launch of the RESP calculation using the antechamber.1 Furthermore, the work is devoted to vizualization of molecules and molecular properties. Two testing programs, which are using high level vizualization library VTK, were developed to fulfill this aim. The work includes theoretical chapters dedicated to describing molecular mechanics, atomic charges or RESP procedure.

Abstract:

Tato bakalářská práce se zabývá analýzou nábojů získaných pomocí RESP procedůry. v programu Nemesis byly pro tento účel vyvinuty nástroje GESPImportTool a GESPAsRESPImportTool, které zpracovávají výstupní soubor z ESP výpočtu a zajistí spustení RESP výpočtu pomocí programu antechamber. 1 Dále se práce věnuje vizualizaci molekul a molekulových vlastností a pro tento účel byly vyvinuty testovací programy využívající vysokoúrovňovou vizualizační knihovnu VTK. Literární rešerše obsahuje kapitoly věnující se teoretickému popisu molekulové mechaniky, atomových nábojů či RESP procedůře.

Klíčová slova

Nemesis, molecular modeling, RESP procedure, ESP charges, GESP file, ESP grid, VTK, computer chemistry

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 6. 2016
• Vedoucí: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika