Peptidy a zakřívení fosfolipidových membrán

Bc. Peter Pajtinka

Master's thesis

Peptides and curvature of lipid membranes

Anotácia:

Peptidové senzory zakřivení jsou speciální peptidy schopné přednostně se vázat na membrány specifického zakřivení. Mechanismus a vlastnosti peptidu zodpovědné za toto cítění nejsou známy. Tato práce si klade za cíl studovat vliv různých vlastností peptidů na jejich preferenci zakřivení a porovnat schopnost vyvolat zakřivení s jejich preferovaným zakřivením. K získaní požadovaných informací byly použity metody vylepšeného vzorkování, diferenciální geometrie a výpočtů laterálních tlakových profilů.

Abstract:

The curvature sensing peptides are specific peptides with ability to preferentially bind to the membranes of certain curvature. The underlying mechanism and peptide properties responsible for the sensing are unknown. This thesis aims to study the effect of various peptide properties on the curvature preference and to compare the curvature inducing ability of the peptides with their curvature preference. To acquire the desired information, methods of enhanced sampling, differential geometry, and lateral pressure profile calculations were employed.

Keywords

zakřivení membrán, amfifilní peptidy, senzory membránového zakřivení, laterální tlakový profil, spontánní zakřivení, fosfolipidová membrána, výpočetní chemie, soft-matter, membrane curvature, amphipathic peptides, membrane curvature sensors, phospholipid membrane, computational chemistry, lateral pressure profile, spontaneous curvature

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 2. 6. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2020
• Vedúci: doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
• Oponent: Dr. Markus Miettinen

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Physics / Biophysics