Detekce a vizualizace kapes v proteinech pomocí nástroje FPocket

Bc. Filip Volner

Diplomová práce

Detection and visualization of protein pockets using FPocket

Abstract:

The aim of the thesis is to become acquainted with available approaches to protein cavity detection, which are hollow spaces on the surface of these molecules and may play important part in their reactivity with other molecules. Also, the goal is to focus on algorithm used in tool Fpocket and implement it into the application CAVER Analyst, which is being developed in HCI Laboratory. The goal is to present a suitable visual representation of computed cavities.

Abstract:

Cieľom práce je zoznámiť sa s existujúcimi prístupmi k výpočtu káps v proteínoch, čo sú priehlbiny na povrchu týchto molekúl, ktoré môžu hrať významnú rolu pri ich reaktivite s inými molekulami. Ďalej je cieľom zamerať sa na algoritmus použitý v nástroji Fpocket a implementovať ho do aplikácie CAVER Analyst, ktorá je vyvýjaná v Laboratóriu HCI. Úlohou je implementovať vhodnú vizuálnu reprezentáciu vypočítaných káps.

Klíčová slova

Proteínové kapsy, proteín, aktívne miesta, CAVER Analyst, Fpocket, Java Native Interface

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 23. 6. 2015
• Vedoucí: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Jan Byška, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika