Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes – Jan SALOMON
Jan SALOMON
Bachelor's thesis
Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes
Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes
Abstract:
Molecular dynamic simulations are used to understand the mechanisms of DNA function and its interactions. One important mechanism of DNA recognition is the transition between the A and B conformations. To produce reliable information, this equilibrium must be described precisely. Current AMBER force fields struggle to stabilize the A-form and the intermediate conformations. The analysis in this work …moreAbstract:
Molekulově dynamické simulace se používají k pochopení mechanismů funkce DNA a jejích interakcí. Jedním z důležitých mechanismů rozpoznávání DNA je přechod mezi konformacemi A a B. Aby bylo možné získat spolehlivé informace, musí být tato rovnováha popsána co nejpřesněji. Současná silová pole AMBER vykazují problémy se stabilizací A-formy a přechodných konformací. Analýza v této práci zkoumá stabilitu …more
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 29. 4. 2022
Thesis defence
- Supervisor: doc. RNDr. Petr Jurečka, Ph.D.
Citation record
ISO 690-compliant citation record:
SALOMON, Jan. \textit{Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes}. Online. Bachelor's thesis. Olomouc: Palacký University Olomouc, Faculty of Science. 2022. Available from: https://theses.cz/id/sbkq3p/.
The right form of listing the thesis as a source quoted
SALOMON, Jan. Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes. Olomouc, 2022. bakalářská práce (Bc.). UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI. Přírodovědecká fakulta
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI, Přírodovědecká fakultaPalacký University Olomouc
Faculty of ScienceBachelor programme / field:
Chemistry / Applied Chemistry
Theses on a related topic
-
Počítačové simulace strukturní dynamiky guaninových kvadruplexů
Barbora Knappeová -
Parametrizace silového pole pro molekulárně dynamické simulace analogů nukleotidů nukleových kyselin
Michal Růžička -
Simulace molekulárních modelů membrán kůže
Petr VOŇKA -
Simulace látek na buněčných membránách
Markéta PALONCÝOVÁ -
Studium 3D struktury RNA Pospiviroidu metodami molekulové dynamiky
Filip SAMOHÝL -
Nástroje pro analýzu trajektorií molekulárně dynamických simulací
Viktor Illík -
Analýza chování silových polí při simulacích DNA aRNA
Ivana Velikovská
Name
Posted by
Uploaded/Created
Rights