Library for computing the layout of bifurcation decision trees

Bc. Jan Zatloukal

Bachelor's thesis

Anotácia:

AEON: Attractor Bifurcation Analysis of Parametrised Boolean Networks je open-source nástroj pro analýzu booleovských sítí. Výsledky analýzy jsou zobrazeny pomocí bifurkačního rozhodovacího stromu. Tato práce si klade za cíl zlepšit vizuální reprezentaci této stromové struktury. Knihovna vyvinutá pro tento účel, cytoscape-tidytree, je rozšíření v Cytoscape.js pro vytváření nevrstvených rozložení kořenových uspořádaných stromů. Je napsána v TypeScriptu a využívá van der Ploegovo rozšíření Reingold-Tilfordova algoritmu. Příklad použití funkcí knihovny je poskytnut ve formě upravené verze AEON klienta pro použití tohoto rozložení a implementaci dalších funkcí v aplikaci.

Abstract:

AEON: Attractor Bifurcation Analysis of Parametrised Boolean Networks is an open-source tool for Boolean network analysis. The results of the analysis are shown using a bifurcation decision tree. This thesis aims to improve the visual representation of this tree structure. The developed library for this purpose, cytoscape-tidytree, is a Cytoscape.js layout extension for creating non-layered layouts of rooted ordered trees. It is written in TypeScript and uses van der Ploeg's extension of the Reingold-Tilford algorithm. An example of the usage of the library's features is provided in the form of a modified version of AEON's client to use this layout and implement additional features in the application.

Keywords

tree, layout, decision tree, bifurcation, tidy tree, non-layered tree, tree drawing, Cytoscape.js, layout extension, cytoscape-tidytree, TypeScript

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 12. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 16. 2. 2024
• Vedúci: RNDr. Samuel Pastva, Ph.D.
• Oponent: Bc. Ondřej Huvar

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Informatics / Informatics