Genetické markery pro studium vnitrodruhové variability rakytníku řešetlákového (Hippophae rhamnoides)

Šárka GRYGAROVÁ

Bachelor's thesis

Genetic markers for the study of intraspecific variability of sea buckthorn (Hippophae rhamnoides)

Abstract:

Tato bakalářská práce je zaměřená na genetické markery rakytníku řešetlákového (Hippophae rhamnoides). Cílem práce bylo nalezení vysoce polymorfních a dobře hodnotitelných mikrosatelitů, které by byly vhodné pro kultivarovou determinaci u rakytníku řešetlákového. Teoretická část se nejprve věnuje charakteristice čeledi hlošinovité, dále taxonomii a základní morfologii rakytníku řešetlákového, popisu květu, plodu, semene, kořenového systému a symbiotických bakterií rakytníku řešetlákového a geografickému rozšíření. V další kapitole jsou popsány významné obsahové látky v rakytníku. Dále je popsáno využití rakytníku řešetlákového. Poslední kapitola teoretické části se věnuje popisu genetických markerů s obecnou charakteristikou RAPD, AFLP, ISSR a SSR a jejich použití na rakytníku řešetlákovém. Experimentální část se zabývá PCR amplifikací s použitím 48 párů primerů navržených pro rakytník řešetlákový. Tyto mikrosatelity byly testovány na 6 různých kultivarech rakytníku řešetlákového. Pomocí PCR amplifikace jsem potvrdila polymorfismus u 36 mikrosatelitů na odrůdách pěstovaných v rámci České republiky. Mikrosatelit Hr04 neposkytl žádný produkt. Mikrosatelity Hr01, Hr02 a Hr03 byly polymorfní, ale nehodnotitelné. Zbylých 8 mikrosatelitů poskytlo monomorfní produkt.

Abstract:

The focus of this bachelor thesis is on the genetic markers of sea buckthorn (Hippophae rhamnoides). The goal of the thesis was a finding of highly polymorphic and feasibly evaluable microsatellites, which would be suitable for determination of cultivars of sea buckthorn. The theory section is firstly characterizing the family of Elaeagnaceae, followed up by taxonomy and basic morphology of sea buckthorn - the description of the flower, the fruit, the seed, the root apparatus, and symbiotic bacteria of the plant, as well as its geographic distribution. In the next chapter there is an analysis of substances contained in sea buckthorn. Then there is a list of uses for sea buckthorn. The last part of the theory section is dedicated to description of genetic markers with a general characteristic of RAPD, AFLP, ISSR and SSR - and their applicability on sea buckthorn. The experimental section of the thesis is about the PCR amplification by using 48 pairs of primers design for sea buckthorn. These microsatellites have been tested on six different cultivars of sea buckthorn. With the usage of PCR amplification, I have confirmed polymorphism for 36 microsatellites of different sea buckthorn cultivars grown in Czechia. Microsatellite Hr04 have not provided any products. Microsatellites Hr01, Hr02 and Hr03 have been found to be polymorphic, but not evaluable. Remaining eight microsatellites provided monomorphic products.

Keywords

rakytník řešetlákový, Hippophae rhamnoides, mikrosatelity, hlošinovité

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 5. 2022

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology