Optimalizace multiplex PCR pro současnou detekci kolicinů a mikrocinů

Bc. Lucie JANÁKOVÁ

Diplomová práce

Optimalization of multiplex PCR for contemporary detection of colicins and microcins.

Anotace:

V teoretické části diplomové práce byla charakterizována bakterie Escherichia coli, producent antibakteriálních proteinů {--} bakteriocinů. Byly popsány základní vlastnosti kolicinů a mikrocinů, jejich klasifikace a detekce pomocí metody PCR, která je věnována část teoretické práce. Cílem praktické části bylo nejdříve ověřit metodou PCR identifikaci Escherichia coli u daného souboru kmenů izolovaných z potravin a ověřit specificitu primerů pro detekci E. coli na souboru kmenů E. coli a na souboru kmenů jiných než E. coli a dále optimalizovat multiplex PCR pro detekci bakteriocinů. Byl tedy sestaven systém pro detekci bakteriocinů. Použitím tohoto postupu bylo možno detekovat při jedné reakci dva různé bakteriociny. Tento systém byl aplikován na kolicinogenní kmeny E. coli izolované z chlazené drůbeže. Tyto kmeny produkují osm typů kolicinů a jeden typ mikrocinu. Nejčastěji byly zastoupeny koliciny E7, Ia a Ib.

Abstract:

Escherichia coli, producer of antibacterial proteins {--} bacteriocins, were characterized in the theoretical part. The basic properties, detection by PCR method and classification of colicins and microcins were described. The aim of this work was at first verified identification of Escherichia coli by PCR in a given set of strains isolated from food. Next part of the work was subjected to verify the specificity of primers for detection of E. coli on a set of E. coli strains and a set of strains other than E. coli. The main aim was to optimize multiplex PCR for the detection of bacteriocins. The system for the detection of bacteriocins was established. It was possible to detect two different bacteriocins in one reaction. This system was applied on colicinogenic E. coli strains isolated from chilled poultry. These strains produced eight types of colicins and one type of microcin. The most frequently were represented in the colicins E7, Ia and Ib.

Klíčová slova

polymerázová řetězová reakce (PCR), Escherichia coli, bakteriocin, optimalizace

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 5. 2010

Identifikátor: 14563

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 6. 2010
• Vedoucí: Mgr. Magda Doležalová, Ph.D.

Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně

Fakulta technologická

Magisterský studijní program / obor:
Chemie a technologie potravin / Technologie, hygiena a ekonomika výroby potravin