Imunogenetická analýza vnímavosti k melanomu u koní plemene Camargue

Bc. Anna Kučerová

Diplomová práce

Immunogenetic analysis of susceptibility to melanoma in the Camargue horses

Anotace:

Starší koně s vybělujícím fenotypem (greying) významně častěji trpí výskytem koţních melanomů. Kromě kauzální mutace v genu STX17 způsobující proces ztráty barvy srsti a zvyšující náchylnost k melanomu můţe být rozvoj tohoto nádoru ovlivněn i produkty jiných genů. V předchozí studii byla náchylnost k rozvoji melanomu spojena s polymorfizmy v několika genech u starokladrubského plemene. Tato práce mapuje genetickou diverzitu plemene Camargue v genech, které byly asociovány s melanomem u starokladrubských koní, a v dalších souvisejících markerech. Koně plemene Camargue jsou vybělující bělouši a výskyt melanomu je u obou plemen podobný. Cílem práce bylo srovnat genetickou diverzitu plemene Camargue v těchto markerech se starokladrubskými koňmi a zjistit její souvislost s výskytem melanomu. Proto byla upřena zvláštní pozornost na genovou rodinu pro interleukin 12, významný cytokin. Geny pro jeho podjednotky (IL12A a IL12B), společně s geny pro regulační miRNA (mir10a a mir21), byly sekvenovány v NGS (Next Generation Sequencing), byla stanovena jejich variabilita ve smyslu jednonukleotidových polymorfizmů (SNP), inzercí a delecí a dále určeno, které z těchto variant jsou významně spojeny s nemocnou či zdravou skupinou jedinců. V genech pro obě podjednotky interleukinu 12 bylo kromě markerů studovaných u starokladrubských koní identifikováno několik dalších několik SNP markerů. Byla popsána odlišnost obou plemen v genotypovaných markerech. Asociace pozorované u starokladrubských koní nebyly statisticky průkazné u plemene Camargue.

Abstract:

Melanomas are cutaneous tumors observed in higher frequency among greying horses. Genetic predisposition plays an important role in their development. Besides a mutation in the gene STX17 underlying the grey phenotype and increasing the susceptibility to melanoma, other gene products can affect melanoma development. In a previous study, the susceptibility to melanoma was associated with immunity- related gene polymorphic markers in Old Kladruber grey horses. This thesis maps the genetic diversity of the Camargue breed in the genes associated with melanoma occurence in Old Kladruber horses as well as in additional, functionally related gene markers. Camargue horses display the greying phenotype and the melanoma prevalence is similar in both breeds. The thesis aims to compare the genetic diversity of the Camargue breed in these markers with the diversity of the Old Kladruber horses and to determine its association with melanoma. Special attention was paid to interleukin 12, an important cytokine gene family. Genes for its subunits (IL-12A and IL-12B), along with genes for the regulatory mRNAs (mir10a, resp. mir21) were sequenced (by Next Generation Sequencing), their variability in terms of single nucleotide polymorphisms (SNP), insertions and deletions was assesed and its associations with melanoma were sought. The genes for both interleukin 12 alpha and beta subunits contained several additional SNP markes, as compared to those studied in Old Kladruber horses. As expeceted, differences in their allelic frequencies were observed between the two breeds. Associations with melanoma observed in Old Kladruber horse breed were not statistically conclusive in the Camargue breed.

Klíčová slova

melanom vybělujících koní, rezistence, plemeno Camargue, starokladrubské plemeno, diverzita, interleukin 12 melanoma of greying horses, resistance, Camargue breed, Old Kladruber breed, diversity, interleukin 12

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 1. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 2. 2015
• Vedoucí: prof. MVDr. RNDr. Petr Hořín, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika