API pro webovou aplikaci Atomic Charge Calculator II

Bc. Lenka Ptáčníková

Master's thesis

API for a web application Atomic Charge Calculator II

Abstract:

Parciální atomové náboje jsou důležitým konceptem popisujícím rozložení elektronové hustoty v molekule. Nacházejí využití například ve výpočetní chemii, chemoinformatice nebo bioinformatice. Parciální atomové náboje nejsou experimentálně měřitelnou veličinou a lze je získat pouze výpočtem. Pro výpočet parciálních atomových nábojů je standardním přístupem kvantová mechanika, která je ovšem časově náročná a pro velké molekuly tak nepoužitelná. Proto vznikají metody empirické, které výpočet výrazně urychlují. Atomic Charge Calculator II (ACC II) je webová aplikace umožňující výpočet parciálních atmových nábojů 20 empirickými metodami. Jelikož je ACC II webová aplikace, je nutno výpočty zadávat ručně skrze webový prohlížeč. V rámci této diplomové práce byl navržen a implementován prototyp webového API, který umožňuje automatizované použití ACC II a nabízí tak možnost, jak ACC II zapojit do uživatelských workflow.

Abstract:

Partial atomic charges are an important concept describing electron density distribution in a molecule. They are used for example in computational chemistry, chemoinformatics or bioinformatics. Partial atomic charges are not experimentally measurable quantities. They can only be obtained by calculation. The standard approach for calculating partial atomic charges is Quantum Mechanics. However, this approach is computationally demanding and thus inapplicable for large molecules. Therefore, empirical methods that allow considerably faster calculation of partial atomic charges have been developed. Atomic Charge Calculator II (ACC II) is a web application that allows the calculation of partial atomic charges by 20 empirical methods. Since ACC II is a web application, the calculations must be entered manually via a web browser. In this thesis, a prototype web API was designed and implemented to allow automated use of ACC II, offering the possibility to integrate ACC II into the user workflows.

Keywords

Parciální atomové náboje, Atomic Charge Calculator II, API

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 18. 5. 2023

Thesis defence

• Date of defence: 21. 6. 2023
• Supervisor: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D.
• Reader: Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Bioinformatics