Profilovanie vybraných skupín látok voči transkripčnej aktivite AhR v novej reportérovej línii LS174T-AhR-luc

Soňa LORENČÍKOVÁ

Bachelor's thesis

Profiling of selected groups of compounds toward transcriptional activity of AhR in novel reporter line LS174T-AhR-luc.

Abstract:

Aryl uhľovodíkový receptor je významný transkripčný faktor, ktorý je zapojený do širokého spektra biologických procesov, ako je napríklad metabolizmus xenobiotík. Je aktivovaný rôznymi skupinami ligandov a jeho aktivácia môže spôsobiť pozitívne ale aj negatívne účinky na organizmus. Predkladaná bakalárska práca sa zaoberá vplyvom známych ligandov aryl uhľovodíkového receptoru na jeho transkripčnú aktivitu a na životaschopnosť buniek novej reportérovej línie LS174T-AhR-luc. Teoretická časť sa zaoberá štruktúrou a aktiváciou AhR, funkciou AhR vo fyziologických procesoch a jednotlivými skupinami exogénnych a endogénnych ligandov. Experimentálna časť sa skladá zo skúmania vplyvu vybraných látok na transkripčnú aktivitu AhR pomocou luciferázovej reportérovej eseje a následne z testovania vplyvu týchto látok na životaschopnosť buniek s použitím MTT testu. Získané výsledky ukazujú, že látkou, ktorá najviac indukovala transkripčnú aktivitu AhR bol endogénny ligand 6-formylindolo[3,2-b]karbazol (FICZ). Silnými induktormi boli takisto enviromentálne polutanty TCDD a benzo[a]pyrén, rovnako ako aj všetky testované metabolity črevnej mikrobioty. Pri všetkých látkach s výnimkou PCB126, benzo[a]pyrénu, pelargonidínu a berberínu nebol pozorovaný cytotoxický efekt.

Abstract:

The aryl hydrocarbon receptor is an important transcription factor involved in a wide range of biological processes, such as metabolism of xenobiotics. It is activated by various groups of ligands and its activation can have both, positive and negative effects on the organism. Presented bachelor's thesis is focused on the effects of known aryl hydrocarbon receptor ligands on its transcriptional activity and cell viability in the cells of novel reporter cell line LS174T-AhR-luc. The theoretical part of the thesis focuses on the structure and activation of AhR, the role of AhR in physiological processes as well as different groups of exogenous and endogenous ligands. The experimental section consists of examining the effects of selected compounds on AhR transcriptional activity using a luciferase reporter assay and subsequent testing the effects of these molecules on cell viability using an MTT test. The obtained results show that the compound with the highest ability to induce transcriptional activity of AhR was endogenous ligand 6-formylindolo[3,2-b]carbazole (FICZ). The strong inducers were also environmental pollutants TCDD and benzo[a]pyrene, as well as all tested metabolites of gut microbiota. With the exception of PCB126, benzo[a]pyrene, pelargonidin, and berberine, no cytotoxic effect was observed.

Keywords

aryl uhľovodíkový receptor, ligand, transkripčná aktivita, luciferázová reportérová esej, MTT test

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 5. 5. 2023

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Peter Illés, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology