Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu trubkonosí u čápa černého (Ciconia nigra)

Karolína MUSILOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Procellariiformes in Black Stork (Ciconia nigra).

Abstract:

Tato bakalářská práce se zabývá hledáním polymorfních mikrosatelitových lokusů u čápa černého (Ciconia nigra) pomocí cross-species PCR amplifikace. Teoretická část charakterizuje řád Ciconiiformes a jeho fylogenezi, čeleď čápovití, v rámci které se věnuje zejména popisu čápa černého včetně jeho hnízdění, rozmnožování a rozšíření. Dále je zde uvedena charakteristika mikrosatelitů, jejich výskyt, využití a popis mikrosatelitů, které pocházejí od zástupců řádu trubkonosí. Experimentální část se zabývá cross-species PCR amplifikací, která byla provedena testováním 213 párů primerů na genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa černého, z nichž 207 bylo navrženo pro zástupce řádu trubkonosí, 5 od zástupců řádu dlouhokřídlí a 1 z řádu pěvci. Celkem bylo nalezeno 16 polymorfních mikrosatelitových lokusů s počtem alel 2-4. Sedm lokusů neposkytlo amplifikací žádný produkt a zbývajících 190 mikrosatelitových lokusů bylo monomorfních.

Abstract:

This bachelor thesis focuses on finding polymorphic microsatellite loci of the Black Stork (Ciconia nigra) using cross-species PCR amplification. The theoretical part characterizes the order Ciconiiformes and its phylogeny, the stork family and describes the Black Stork, its nesting, reproduction and distribution. It also characterizes the microsatellites, rate and use of microsatellites and describes the microsatellites of the species belonging to the order of the Procellariiformes. The experimental part focuses on cross-species PCR amplification which was performed by testing 213 pairs of primers on the genomic DNA of 6 unrelated Black stork´s individuals, of which 207 pairs were designed for species of the order Procellariiformes, 5 of the order Charadriiformes and 1 from the order Charadriiformes. There was found a total of 16 polymorhic microsatellite loci with number of alleles ranged from 2 to 4. Seven loci did not amplify the product. The remaining 190 microsatellite loci were monomorphic.

Keywords

čáp černý (Ciconia nigra), mikrosatelity, cross-species PCR amplifikace, trubkonosí

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 5. 2022

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology