Webový informační systém pro specifikaci biologických modelů

Bc. Jakub Vrbas

Diplomová práce

Web-based Information System for Specification of Biological Models

Anotace:

Výsledky výzkumu na poli molekulární biologie dnes umožňují tvorbu podrobných modelů biochemických systémů. Technikami vytváření, organizování a sdílení takových modelů se zabývá systémová biologie. Tato práce přibližuje některé techniky počítačového modelování vhodné k uchopení biochemických systémů a přináší přehled některých existujících softwarových nástrojů, které tyto techniky využívají. Cílem této práce je zhodnotit tyto nástroje a na základě toho navrhnout a implementovat webový informační systém umožňující vytváření a manipulaci s modely biochemických reakcí.

Abstract:

State-of-the-art molecular biology research now makes it possible to build elaborate models of biochemical systems. Techniques for creating, organising and sharing of these models are studied in system biology. In this thesis, the most widely used computational modeling approaches as well as software tools employed in systems biology are summarized. In the theoretical part, a brief comparison of the tools is given. The aim of the practical part is to design and implement a web application for creating and manipulating biochemical network models.

Klíčová slova

systémová biologie, in silico, biochemické sítě, matematické modelování, SBML, informační systém

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 29. 6. 2009
• Vedoucí: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika