Mutační analýza kandidátního genu SCN1B syndromu dlouhého QT intervalu

Bc. Zuzana Schmidtová

Master's thesis

Mutational analysis of SCN1B the canditate gene for long QT syndrome

Abstract:

Syndrom dlouhého QT intervalu (LQTS) je srdeční onemocnění vyznačující se prodloužením ventrikulární repolarizace, což se projeví jako prodloužení QT intervalu na povrchovém EKG. Způsobuje závažné arytmie, které mohou vést až k srdeční zástavě. Bylo identifikováno 8 genů, jejichž mutace se prokázaly být příčinou LQTS. Gen SCN1B je dalším kandidátním genem pro LQTS. Kóduje beta-podjednotku napětím řízeného Na-kanálu, jejímž funkčním partnerem je produkt genu SCN5A. Cílem této práce bylo zavést mutační analýzu genu SCN1B a testovat soubor pacientů interní kardiologické kliniky na přítomnost mutací či polymorfismů v genu SCN1B. Zaznamenala jsem dva polymorfismy, [G246T] a [C9626G], které zatím nejsou uvedeny v databázi. Neobjevila jsem žádnou mutaci měnící smysl kodonu a tím i aminokyselinovou sekvenci, což ovšem nemusí znamenat, že nalezené polymorfismy nemají vliv na expresi genu SCN1B. Polymorfismus [G246T] v intronu 1 může mít vliv na sestřih proteinu a polymorfismus [C9626G], stejně jako asociované polymorfismy [T9204C] a [A9248C], nacházející se v UTR oblasti, mohou ovlivňovat jednak efektivitu translace a jednak stabilitu mRNA.

Abstract:

The long QT syndrome (LQTS) is a cardiac disorder characterised by a prolongation of the QT interval on the surface ECG, an indication of abnormal ventricular repolarisation. This is associated with life-threatening arrhythmias leading to ventricular fibrillation and sudden cardiac death. So far, mutations in 8 genes were identified to cause LQTS. The SCN1B gene is another candidate gene for LQTS. It encodes the beta1-subunit of the cardiac voltage-gated sodium channel. This channel is composed of alpha-subunit NaV1.5 encoded by SCN5A gene and two or more auxiliary subunits. The aim of this study was to introduce mutational analysis of SCN1B gene and to examine 55 patients in search for sequence variations in SCN1B gene. I have found two polymorphisms [G246T] and [C9626G], which are not yet included in the sequence database. I haven’t discovered any missense mutation, however this fact doesn’t ensure that the detected variations have no impact on SCN1B protein function. Polymorphism [G246T] in the intron 1 may influence the mRNA splicing, and polymorphism [C9626G], together with two associated polymorphisms [T9204C] and [A9248C], all occurring in the UTR region, may influence the translation efficacy and mRNA stability.

Keywords

long QT syndome, voltage gated sodium channel, ventricular arrhythmia, LQTS, acquired LQTS, SCN1B, SCN5A, mutational analysis, channelopathy, Romano and Ward syndrome, RWS, Jervell and Lange-Nielsen syndrome, JLNS, KCNQ1, KvLQT, KCNH2, hERG, NaV1.5, ANK2, Ankyrin B, KCNE1, MinK, KCNE2, MiRP1, KCNJ2, KIR2.1, CACNA1c, CaV1.2, KCNB1, KV2.1, KCND3, KV4.3, KCNJ11, KIR6.2, ABCC9, SUR2, ADRB1, beta1AR, SLC18A2, VMAT2, SGK1, KCNE5, MiRP4, CAV3, Caveolin 3, Timothy syndrome, Andersen-Tawil syndrome

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 25. 5. 2007

Thesis defence

• Date of defence: 13. 6. 2007
• Supervisor: RNDr. Jitka Kadlecová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics