Webová aplikace pro vizualizaci atomových nábojů

Bc. Tomáš Jadrný

Bachelor's thesis

Web interface for atom charges visualization

Anotácia:

Biologie a biochemie jsou úzce svázány s vizualizací, protože vizuální reprezentace studovaného jevu pomáhá porozumět biologickým procesům a funkcím. Mezi tyto jevy patří také parciální atomové náboje, jejichž vizualizace formuje obsah této práce. Aktuálně existuje několik programů, které podporují vizualizaci parciálních atomových nábojů. Nicméně většina těchto aplikací je nativních. Vzhledem k nedávnému rychlému vývoji webových technologií, zahrnujících WebGL, je nyní možné vytvořit takové aplikace dostupné přes webové prohlížeče. V této práci nejdříve porovnávám existující řešení a pak navrhuji a popisuji webové řešení, které umožňuje vizualizaci parciálních atomových nábojů za použití standardních vizualizačních metod.

Abstract:

Biology and biochemistry are tightly related to visualization because visual representation of studied phenomena helps to understand the biological processes and functions. Among these phenomena belong also partial atomic charges whose visualization forms the content of this thesis. Currently, there are several software products supporting visualization of atomic charges. However, most of them work as native applications. With the recent rapid development of web-based technologies, including WebGL, now it is possible to create such applications that are accessible via web browsers. In this thesis, I first compare the existing solutions and then propose and describe the web-based solution that enables to visualize partial atomic charges using standard visualization methods.

Keywords

visualization, partial atomic charges, web application, chemical file formats, PQR, Charge Viewer, bioinformatics

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 29. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2017
• Vedúci: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Jan Byška, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics