Analýza genové exprese u lymfomů

Bc. Jana Šupíková

Diplomová práce

Gene expression analysis in lymphomas

Anotace:

Diplomová práce se zabývá studiem rozdílné exprese mRNA v buňkách lymfatických uzlin pacientů s nejčastějšími druhy ne-Hodgkinových lymfomů (difúzní velkobuněčný lymfom DLBCL, folikulární lymfom FL, Burkittův lymfom BL, lymfom plášťové zóny MCL), buněčných linií FL a BL a nemaligní lymfatické tkáně. Pro tyto účely byla použita metoda expresních mikročipů, která umožňuje detekci exprese tisíců genů najednou. Mikročip byl speciálně navržen pro diagnostiku lymfoproliferací. Shluková analýza odhalila výrazně odlišný expresní profil BL a buněčných linií. Statistickou analýzou byl objeven rozdíl mezi agresivními (BL, DLBCL, MCL) a indolentními lymfomy (FL) spočívající v odlišné expresi genů podílejících se na regulaci buněčného cyklu, proliferaci a replikaci. U FL se objevila korelace horšího průběhu choroby u pacientů s nižší expresí genů typických pro T-lymfocyty. V souladu s publikacemi, BL a MCL rovněž vykazují rozdílný expresní profil. Rozlišení jednotlivých typů lymfomů je důkazem funkčnosti navrženého čipu a jeho designu, opakovaná analýza stejného vzorku ukazuje, že metoda mikročipů je dobře reprodukovatelná.

Abstract:

This master’s thesis deals with study of mRNA expression profiles in cells from lymphatic nodes from patients with most common types of non-Hodgkin B-cell lymphomas (diffuse large B-cell lymphoma DLBCL, follicular lymphoma FL, Burkitt lymphoma BL, mantle cell lymphoma MCL), FL and BL cell lines and non-malignant lymphatic tissue. Thus, DNA microarray technology was employed. It enables to detect an expression of thousands of genes at once. The microarray carried custom probes designed to distinguish distinct lymphoproliferative disorders. Cluster analysis revealed different expression profiles of Burkitt lymphoma and cell lines. Statistical analysis of differentially expressed genes among the NHL subtypes revealed the aggressive subtypes (BL, DLBCL, MCL) showing higher expression of genes implicated in cell cycle progression, cell proliferation and replication in comparison to indolent subtype (FL). Group of FL showing higher expression of genes specific for infiltrating T-cells correlates with worse course of the disease. In agreement with published studies, gene expression profiles of BL and MCL are also notably distinct. The design of the microarray is capable of distinguishing different types of non-Hodgkin lymphoma, repeated analysis of one sample shows excellent correlation; the microarray technology is robust.

Klíčová slova

mikročip, difúzní velkobuněčný lymfom, folikulární lymfom, Burkittův lymfom, lymfom plášťové zóny, analýza genové exprese, microarray, diffuse large B-cell lymphoma, follicular lymphoma, Burkitt lymphoma, mantle cell lymphoma, gene expression analysis

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 6. 2009
• Vedoucí: prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Fyzika / Biofyzika