Analýza a charakteristika polymorfních cross-species mikrosatelitů pro determinaci paternity u čápa bílého (Ciconia ciconia)

Bc. Eva BURIANOVÁ

Master's thesis

The analysis and characterization of polymorphic cross-species microsatellites for determination of paternity in white stork (Ciconia ciconia).

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá vyhledáváním nových polymorfních mikrosatelitových markerů u čápa bílého (Ciconia ciconia) metodou cross-species PCR amplifikace a jejich charakterizací. Teoretická část práce byla zaměřena na podrobnější popis studovaného druhu, jeho taxonomické zařazení a dosud objevené mikrosatelitové markery. Dále se věnuje obecné charakteristice mikrosatelitů a jejich využití při determinaci paternity. V experimentální části bylo analýzou 198 cross-species párů primerů nalezeno celkem 13 polymorfních mikrosatelitových lokusů u čápa bílého. Retestováním několika mikrosatelitových lokusů vyhodnocených v bakalářské práci (Obručová, 2009) u čápa bílého jako monomorfní byl nalezen další polymorfní mikrosatelit. Primery amplifikující tyto polymorfní mikrosatelitové lokusy byly primárně odvozeny z DNA zástupců čtyř různých řádů: brodiví (Ciconiiformes), dlouhokřídlí (Charadriiformes), plameňáci (Phoenicopteriformes) a veslonozí (Pelecaniformes). V další fázi byly tyto polymorfní lokusy genotypovány společně s polymorfními lokusy získanými v bakalářské práci (Obručová, 2009). Pomocí statistického programu Cervus 3.0.3 byly analýzou genotypů získány jejich detailní charakteristiky. Ty pomáhají určit vhodnost a spolehlivost mikrosatelitových lokusů jako genetických markerů pro budoucí možné analýzy (například determinace paternity či variability populace). Pomocí programu Genepop 4.0.10 byla zjištěna silná fyzická vazba mezi třemi mikrosatelitovými lokusy. Čtyři lokusy byly vázány na pohlaví (3 mikrosatelity byly vázány na Z chromozom, u dalšího mikrosatelitu je způsob vazby na pohlaví nejasný). Nakonec byl testován polymorfismus mikrosatelitových lokusů již dříve popsaných přímo u čápa bílého.

Abstract:

The main aim of this master thesis was to obtain new polymorphic microsatellite markers for white stork (Ciconia ciconia) using cross-species PCR amplification and to characterize them. The theoretical part of this thesis firstly deals with a detailed description of the white stork, its taxonomy and so far discovered microsatellite markers. Further was this theoretical part focused on general characteristics of microsatellite loci and their using for determination of paternity. In the experimental part of this thesis it was discovered 13 polymorphic microsatellite loci for white stork by analysing 198 cross-species primer pairs. Another polymorphic microsatellite was discovered by re-testing several microsatellite loci which were previously described as monomorphic for white stork (Obručová, 2009). All primers providing polymorphic products were primary derived from DNA of species from four different orders: Ciconiiformes, Charadriiformes, Phoenicopteriformes and Pelecaniformes. Further the polymorphic microsatellite loci obtained in this thesis were genotyped together with polymorphic loci obtained in the bachelor thesis (Obručová, 2009). By analysing genotypes were obtained details characteristics using a statistical program Cervus 3.0.3. These characteristics help to determine suitability and reliability of microsatellite markers for future possible analyses (as determination of paternity or population variability). The strong physical linkage was found out among three microsatellites using a statistical program Genepop 4.0.10. Four microsatellite loci were sex-linked (3 microsatellites were Z-linked, sex-linkage of the fourth microsatellite was unclear). Finally was analysed polymorphism of microsatellite loci described directly for white stork.

Keywords

mikrosatelity, cross-species mikrosatelitová amplifikace, čáp bílý, paternita, polymorfismus

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 8. 2011

Accessible from:: 2. 8. 2011

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology