Tooling for The Research Results Gathered from Biospecimen

Bc. Adam Repaský

Master's thesis

Anotácia:

Biobankovníctvo je veľmi dôležité pre výskum, no skladovanie vzoriek má svoje náklady, takže je dôležité rozhodnúť, ktoré vzorky sú najcennejšie. Táto práca vo svojom začiatku uvádza do problematiky biobankovníctva, zoznamuje čitateľa s infraštruktúrou BBMRI-ERIC a popisuje funkcionalitu komponentov, ktoré táto infraštruktúra na svoje fungovanie využíva. Hlavnou časťou práce je návrh spôsobu hodnotenia využiteľnosti biologických vzoriek uchovávaných jednotlivými biobankami, spôsob získavania týchto informácií v jednotlivých krokoch a stanovenie spôsobu ich uchovávania. Konkrétnejšie je cieľom vytvoriť metódu na zdieľanie výskumných zistení odvodených zo vzoriek dodaných biobankami v sieti BBMRI a prepojenie týchto vzoriek s výsledkami výskumu. Na záver práca popisuje realizáciu prototypu slúžiaceho na demonštráciu funkčnosti teoretického návrhu a technológie použitých implementácií.

Abstract:

Biobanking is vital for research, but storing samples has costs, so it's important to decide which samples are most valuable. In its beginning, this thesis introduces the issue of biobanking, introduces the reader to the BBMRI-ERIC infrastructure, and describes the functionality of the components that this infrastructure uses for its functioning. The main part of this work is designing a way to evaluate the usability of biological samples held by individual biobanks, the method of acquiring this information in individual steps, and determining the method of their preservation. More concretely, the goal is to create a method for sharing research findings derived from samples supplied by biobanks in the BBMRI network and linking these samples with the research outcomes. Finally, the thesis describes the implementation of a prototype serving to demonstrate the functionality of the theoretical design and the technology of the used implementations.

Keywords

Biobanking, BBMRI-ERIC, Feedback Systems, System Design

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 12. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 5. 2. 2024
• Vedúci: Mgr. Zdenka Dudová, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Martin Kuba, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Computer systems, communication and security / Computer Networks and Communications