Design real-time PCR testů pro rozlišení klinicky významných bakteriálních kmenů

Mgr. Jan Haviernik

Bakalářská práce

Design of real-time PCR assays for detection of clinically significant bacteria

Anotace:

Diagnostika pomocí real-time PCR dnes patří mezi nejrychlejší a nejcitlivější metody průkazu patogena v klinické mikrobiologii. Legionella pneumophila je významnou patogenní bakterií, která je původcem legionářské nemoci a pontiacké horečky. Její detekce pomocí real-time PCR je dnes již dostupná díky nabídce komerčních testů, avšak tyto PCR testy zpravidla nerozlišují mezi jednotlivými poddruhy této bakterie, přestože rozlišení patogenních a nepatogenních poddruhů je klinicky významné. Bakalářská práce se zabývá návrhem real-time PCR testu pro detekci klinicky nejvýznamnějšího poddruhu Legionella pneumophila subsp. pneumophila za pomoci volně dostupných softwarových nástrojů používaných v molekulární biologii.

Abstract:

Real-time PCR is one of the fastest and most sensitive methods for direct detection of pathogens in clinical microbiology. Legionella pneumophila is a clinically significant pathogenic bacterium, the causative agent of Legionnaires' disease and Pontiac fever. Real-time PCR assays for detection of L. pneumophila are now commercially available, however, these tests cannot distinguish between pathogenic and non-pathogenic subspecies of this bacterium, which is of clinical relevance. This thesis summarizes a design of a real-time PCR assay for detection of the clinically most significant subspecies Legionella pneumophila subsp. pneumophila while using freely available software tools used in molecular biology.

Klíčová slova

Real-time PCR, qPCR, Legionella pneumophila, identifikace, patogen, identification, pathogen

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 6. 2014
• Vedoucí: Mgr. Iva Kubíková, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Speciální biologie