Korelace klinických proměnných se složením střevního mikrobiomu u pacientů s kolorektálním karcinomem

Bc. Jakub Jamárik

Bachelor's thesis

Correlation of clinical variables and composition of gut microbiota of colorectal cancer patients

Abstract:

Colorectal carcinoma is an oncological disease with a high degree of heterogeneity. A considerable amount of research into molecular subtypes of the disease has been done in the past 10 years but it still remains unsuccessful. Current methods allow for assessment of the tumor microenvironment variant such as microbiome. The term itself refers to the genome of the gut microorganisms. Research supports the role of the gut microbiome in initiation and progression of colorectal cancer. The aim of this thesis is the analysis of correlates of microbiome and clinical variables in colorectal cancer patients. Theoretical background for colorectal cancer, gut microbiome and next generation sequencing is presented. A unique dataset of microbiome composition across six taxonomical levels, datasets of clinical and molecular variables are analysed. The results show significant differences in the abundances of microbial taxa based on clinical and molecular variables.

Abstract:

Kolorektální karcinom je maligní nádorové onemocnění, které se vyznačuje vysokou heterogenitou. Za posledních 10 let bylo vynaloženo značné úsilí na vytvoření molekulárních podtypů tohoto onemocnění, ale to nebylo úspěšné. V současné dobé jsou dostupné metody, které umožňují zachytit mikroprostředí nádoru, jehož součástí je mimo jiné i střevní mikrobiom. Pojem střevní mikrobióm označuje soubor všech genů mikroorganismů přítomných ve střevě. Existují práce, které poukazují na souvislost mezi vznikem a vývojem kolorektálního karcinomu a střevním mikrobiómem. Tato bakalářská práce se zabývá koreláty mezi složením střevního mikrobiómu a klinickými proměnnými u pacientů s kolorektálním karcinomem. V teoretické části se věnuje popisu kolorektálního karcinomu, střevního mikrobiómu a sekvenování nové generace. Práce analyzuje unikátní datový soubor složení mikrobiómu na šesti taxonomických úrovních, soubor klasických klinických proměnný a molekulárních markerů. Výsledky práce poukazují na signifikantní rozdíly abundancií bakteriálních taxonů z hlediska klinických a molekulárních proměnných.

Keywords

Kolorektální karcinóm, Mikrobióm, Klinické proměnné, Kompoziční data, Colorectal cancer, Microbiome, Clinical variables, Compositional data

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 13. 5. 2019

Thesis defence

• Date of defence: 21. 6. 2019
• Supervisor: Mgr. Barbora Zwinsová
• Reader: Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Experimental Biology / Mathematical Biology