Formal representation of graphical models of biological systems

Samuel Kulíšek

Bachelor's thesis

Anotácia:

Práca sa zaoberá automatizáciou prevodu existujúcich Systems Biology Graphical Notation Process Description (SBGN-PD) diagramov do modelu založeného na pravidlách v jazyku Biochemical Space Language (BCSL) vyvíjaného Fakultou Informatiky. Tento model založený na pravidlách by mal byť načítateľný programom eBCSgen. Táto práca obsahuje zhrnutie existujúcich formátov súborov používaných na ukladanie SBGN-PD diagramov. Súčasťou tejto práce je tiež implementácia nástroja ktorý dokáže previesť predom definovanú podmnožinu projektových súborov programu CellDesigner 4.4.2 obsahujúcich SBGN-PD diagramy na model v BCSL.

Abstract:

This thesis focuses on the automation of transforming the existing Systems Biology Graphical Notation Process Description maps (SBGN-PD) into a rule-based model in the Biochemical Space Language (BCSL) developed by the Faculty of Informatics. This rule-based model should be readable by the tool eBCSgen. This thesis includes an analysis of existing file formats used for containing SBGN Process Diagrams. This thesis also contains an implementation of a tool used for processing a specific subset of CellDesigner 4.4.2 project files containing an SBGN Process Description Diagram and transforming them into a model in BCSL.

Keywords

formal methods, formal specification, Python, systems biology, biochemical space language, systems biology graphical notation, CellDesigner

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 30. 6. 2021
• Vedúci: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Samuel Pastva

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics