Axinový interaktom: Charakterizace transientních interakcí Axinu za pomocí peptidových knihoven

Bc. Eva Divišová

Master's thesis

Use of peptide libraries for characterisation of Axin interactions with transiently binding proteins

Abstract:

Axin je scaffold protein, hrající důležitou roli v několika buněčných signálních drahách. Schopnost Axinu interagovat s různými signálními proteiny nemusí být důležitá jenom pro přenos signálu v rámci jedné kaskády, ale také pro komunikaci a přepínání mezi jednotlivými drahami. Cílem mojí diplomové práce bylo analyzovat výsledky detailního mapování interakčního rozhraní mezi Axinem a Kasein kinázou 1ε, získané metodou Peptide microarray a ověřit tato data nezávislým alternativním přístupem. Analýzou peptidové knihovny Axinu byly identifikovány 3 kandidátní vazebné epitopy pro CK1ε: jeden v N-koncové doméně RGS a dva v nestrukturované centrální části Axinu. Výsledky byly validovány metodou in vitro pull down s delečními mutanty Axinu. Nepodařilo se však optimalizovat experimentální podmínky tak, aby nedocházelo k nespecifické vazbě rekombinantních proteinů na použitou matrici. Proto nebylo dosaženo jednoznačných závěrů.

Abstract:

Axin is a scaffold protein which plays a significant role in several signaling pathways. The ability of Axin to interact with various signaling proteins is important not only for signal transduction within a single pathway but also for the cross-talk and switching between individual pathways. The aim of my diploma thesis was to analyze results from detailed mapping of the interaction interface between Axin and Casein Kinase 1ε (CK1ε) obtained by the peptide microarray method and verify the data by an independent alternative approach. Analysis of an Axin peptide library led to identification of 3 candidate binding epitopes for CK1ε: one in the N-terminal RGS domain and two in the disordered central region of Axin. The results were validated with the in vitro pull-down method using deletion mutants of Axin. However, optimization of experimental conditions to prevent non-specific binding of the recombinant proteins to the used matrix was unsuccessful. Therefore, no definite conclusions could be drawn.

Keywords

Axin, Kasein kináza 1ε, protein-proteinové interakce, peptide microarray, in vitro pull down, Casein Kinase 1ε, protein-protein ineractions

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 2. 2017

Thesis defence

• Date of defence: 7. 2. 2017
• Supervisor: doc. Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Genomics and Proteomics