Vývoj molekulárních markerů pro určení pohlaví u předivky brslenové \kur{(Yponomeuta cagnagella)}

Bc. Aneta PILÍKOVÁ

Master's thesis

Anotácia:

Tato práce se zabývala identifikací sekvencí pohlavního chromozomu W motýlů. Genom samice předivky brslenové (Yponomeuta cagnagella) byl sekvenován technologií Oxford Nanopore a podařilo se jej poskládat do poměrně kompletního assembly. Byly nalezeny k-mery specifické pro samice a postupem YGS byly identifikovány kandidátní sekvence odpovídající chromozomu W, které byly ověřeny metodou PCR.

Abstract:

The thesis focuses on developing a female-specific marker for the spindle ermine moth Yponomeuta cagnagella (Lepidoptera). The genome of a female specimen was sequenced using Oxford Nanopore technology, yielding a highly complex assembly. Female-specific kmers were extracted, and candidate sequences corresponding to the W chromosome were identified using the YGS kmer based pipeline. In silico verification confirmed the specificity of these sequences and primers were designed for the four predicted female markers. However, PCR experiments revealed that these sequences were not sex-specific and therefore could not be used for molecular sexing.

Kľúčové slová

motýli, Lepidoptera, předivka brslenová, Yponomeuta cagnagella, chromosom W, neo-pohlavní chromozomy, bioinformatika, k-mer, k-merová analýza, PCR markery, sestavení genomu, Oxford Nanopore, repetitivní DNA

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 4. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: RNDr. Petr Nguyen, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Experimental Biology