Zpět na vyhledávání

Jan Kratochvíl

Master's thesis

Analýza lidského genomu

Human Genome Analysis
Abstract:
Tato diplomová práce se zabývá implementací sufixových automatů, které jsou využity ve vyhledávání řetězců v DNA sekvencích. V první části práce je seznámení s problematikou sekvenování a mapování DNA. Následuje teoretická část popisující datové struktury sufixový strom a sufixové pole využívané ve vyhledávání v textu. Dále je seznámení se sufixovými automaty, na které navazují kompaktní sufixové automaty …more
Abstract:
This thesis describes the implementation of suffix automatons used for string searching on long DNA sequences. The first chapter talks about DNA sequencing and mapping. Then follows a~theoretic primer on the topic of suffix trees and suffix arrays which are widely used for searching over long strings. The next chapter introduces suffix automatons, which are followed by compact suffix automatons, design …more
 

Keywords

DNA sekvenování sufixový strom sufixové pole sufixový automat DAWG kompaktní sufixový automat CDAWG

Keywords

DNA sequencing suffix tree suffix array suffix automaton DAWG compact suffix automaton CDAWG
 
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 4. 2019
Identifier: http://hdl.handle.net/10084/136062

Thesis defence

  • Date of defence: 29. 5. 2019
  • Supervisor: Petr Gajdoš
  • Reader: Marek Běhálek

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Accessibility: Plné texty vysokoškolských kvalifikačních prací obhájených na Vysoké škole báňské - Technické univerzitě Ostrava jsou uloženy v repozitáři DSpace. Přístup k plným textům mají všichni uživatelé bez omezení. Přístup je omezen pouze ve výjimečných případech, zpravidla z důvodu ochrany duševního vlastnictví. Nepřístupné práce jsou označeny jako closedAccess nebo embargoedAccess. Tištěné verze prácí jsou uloženy v Ústřední knihovně VŠB-TUO a jsou prezenčně přístupné ve studovně diplomových prací. Další nakládání s prací (kopírování, opisy, MVS)se řídí Knihovní a výpůjčním řádem Ústřední knihovny VŠB-TUO.

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • autentizovaným zaměstnancům ze stejné školy/fakulty
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: VŠB - Technická univerzita Ostrava

VŠB - Technical University of Ostrava

Fakulta elektrotechniky a informatiky

Master programme / field:
Informační a komunikační technologie / Informatika a výpočetní technika

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.