Amfizoické améby rodu Naegleria: genová typizace kmenů izolovaných z žaber ryb

Bc. Kateřina Skulinová

Diplomová práce

Amphizoic amoebae of the genus Naegleria: genotyping of strains isolated from fish gills

Anotace:

Pro 23 nově izolovaných kmenů rodu Naegleria byly získány sekvence ITS1, 5.8S a ITS2 – používané v současné době k identifikaci druhů tohoto rodu. Nově získané sekvence umožnily analyzovat dosud největší soubor dat (18 sekvencí nových a 16 již dříve publikovaných), která charakterizují naeglerie izolované z žaber ryb. Fylogenetické analýzy sekvencí odhalily vztahy mezi jednotlivými „žaberními“ kmeny naeglerií a zařadily je k 5 nominálním druhům. Dva kmeny izolované z žaber Oncorhynchus mykiss s klinickými příznaky a histopatologicky prokázaným nodulárním onemocněním žaber (NGD) byly fylogeneticky nejblíže příbuzné/identické s Naegleria dobsoni. Z výsledků je patrná potřeba analyzovat ještě větší soubor kmenů izolovaných z žaber ryb, ideálně z případů vzplanutí žaberních onemocnění. Do budoucna je vhodné hledat další molekulární markery vhodné pro determinaci Naegleria spp. a zaměřit se i na kmeny s unikátním postavením ve fylogenetických stromech.

Abstract:

Sequences of ITS1, 5.8S and ITS2 that are currently used for identification of Naegleria species were generated in this study for 23 newly isolated amphizoic strains of the genus. Thanks to this, currently the most numerous set of sequences (18 new and 16 previously published) of Naegleria strains isolated from fish gills were analysed. The phylogenetic analyses of sequences revealed relationships of gill-isolated strains and assigned them to 5 nominal species. Two strains isolated from gills of Oncorhynchus mykiss with histologically confirmed signs of nodular gill disease (NGD) were phylogenetically closely related/identical with Naegleria dobsoni. The results show the need of examining a larger set of „gill strains“, ideally obtained from fish collected in the course of disease outbreaks. The search for additional molecular markers useful for determination of Naegleria spp. seems to be appropriate for future studies including also strains with a unique position in phylogenetic trees.

Klíčová slova

volně žijící améby, amfizoické améby, Naegleria spp., kmeny izolované z žaber ryb, genotypizace kmenů, free-living amoebae, amphizoic amoebae, strains isolated from fish gills, genotyping of strains

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 4. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 12. 6. 2015
• Vedoucí: prof. MVDr. Iva Dyková, DrSc.
• Oponent: RNDr. Kristína Civáňová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Ekologická a evoluční biologie / Zoologie